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1. (EP3209803) METHOD AND SYSTEM FOR MICROBIOME-DERIVED DIAGNOSTICS AND THERAPEUTICS

Office : European Patent Office
Application Number: 15852829 Application Date: 21.10.2015
Publication Number: 3209803 Publication Date: 30.08.2017
Publication Kind : A4
Prior PCT appl.: Application Number:US2015056767 ; Publication Number: Click to see the data
IPC:
G06F 19/12
C12Q 1/68
G16H 20/10
G16H 50/20
G PHYSICS
06
COMPUTING; CALCULATING; COUNTING
F
ELECTRIC DIGITAL DATA PROCESSING
19
Digital computing or data processing equipment or methods, specially adapted for specific applications
10
Bioinformatics, i.e. methods or systems for genetic or protein-related data processing in computational molecular biology
12
for modelling or simulation in systems biology, e.g. probabilistic or dynamic models, gene-regulatory networks, protein interaction networks or metabolic networks
C CHEMISTRY; METALLURGY
12
BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
Q
MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES OR MICRO-ORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
1
Measuring or testing processes involving enzymes or micro-organisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
68
involving nucleic acids
[IPC code unknown for G16H 20/10][IPC code unknown for G16H 50/20]
CPC:
G16H 40/67
C12Q 1/68
C12Q 1/6883
C12Q 1/689
C12Q 2600/118
G06F 19/30
G06F 19/3418
G16B 5/00
G16B 50/00
G16B 99/00
G16H 20/10
G16H 50/20
G16H 50/50
Y02A 90/26
Applicants: UBIOME INC
Inventors: APTE ZACHARY
RICHMAN JESSICA
BEHBAHANI SIAVOSH REZVAN
ALMONACID DANIEL
Priority Data: 201462066369 21.10.2014 US
201462087551 04.12.2014 US
201462092999 17.12.2014 US
2015056767 21.10.2015 US
201562146855 13.04.2015 US
201562147212 14.04.2015 US
201562147362 14.04.2015 US
201562147376 14.04.2015 US
201562206654 18.08.2015 US
Title: (DE) VERFAHREN UND ZUSAMMENSETZUNGEN FÜR MIKROBIOM-DIAGNOSTIKA UND -THERAPEUTIKA
(EN) METHOD AND SYSTEM FOR MICROBIOME-DERIVED DIAGNOSTICS AND THERAPEUTICS
(FR) PROCÉDÉ ET SYSTÈME DE DIAGNOSTIC ET DE THÉRAPIE FONDÉS SUR LE MICROBIOME
Abstract:
(EN) A method for diagnosing and treating an immune microbial dysfunction in a subject, the method comprising: receiving an aggregate set of biological samples from a population of subjects; generating at least one of a microbiome composition dataset and a microbiome functional diversity dataset for the population of subjects; generating a characterization of the immune microbial dysfunction based upon features extracted from at least one of the microbiome composition dataset and the microbiome functional diversity dataset, wherein the characterization is diagnostic of at least one of Crohn's disease, inflammatory bowel disease (IBD), irritable bowel syndrome (IBS), ulcerative colitis, and celiac disease; based upon the characterization, generating a therapy model configured to correct the immune microbial dysfunction; and at an output device associated with the subject, promoting a therapy to the subject based upon the characterization and the therapy model.
(FR) L'invention concerne un procédé de diagnostic et de traitement d'un dysfonctionnement immunitaire d'origine microbienne chez un sujet, le procédé comprenant les étapes consistant : à recevoir un ensemble agrégé d'échantillons biologiques provenant d'une population de sujets ; à générer au moins un ensemble de données concernant la composition du microbiome et/ou un ensemble de données concernant la diversité fonctionnelle du microbiome pour la population de sujets ; à caractériser le dysfonctionnement immunitaire d'origine microbienne sur la base de caractéristiques extraites de l'ensemble de données concernant la composition du microbiome et/ou de l'ensemble de données concernant la diversité fonctionnelle du microbiome, ladite caractérisation correspondant au diagnostic d'au moins l'une des maladies suivantes : maladie de Crohn, maladie inflammatoire chronique de l'intestin (MICI), syndrome du côlon irritable, rectocolite hémorragique et maladie cœliaque ; à générer, sur la base de cette caractérisation, un modèle thérapeutique conçu pour corriger le dysfonctionnement immunitaire d'origine microbienne ; et à promouvoir auprès du sujet, au niveau d'un dispositif de sortie qui lui est associé, un traitement sur la base de la caractérisation et du modèle thérapeutique.