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1. WO2022207566 - NEW METHOD TO EVALUATE PANCREATIC CANCER PROGNOSIS

Publication Number WO/2022/207566
Publication Date 06.10.2022
International Application No. PCT/EP2022/058151
International Filing Date 28.03.2022
IPC
C12Q 1/6886 2018.1
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
1Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
68involving nucleic acids
6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
6883for diseases caused by alterations of genetic material
6886for cancer
CPC
C12Q 1/6886
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS
1Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms
68involving nucleic acids
6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
6883for diseases caused by alterations of genetic material
6886for cancer
C12Q 2600/118
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS
2600Oligonucleotides characterized by their use
118Prognosis of disease development
C12Q 2600/158
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS
2600Oligonucleotides characterized by their use
158Expression markers
Applicants
  • INSERM (INSTITUT NATIONAL DE LA SANTÉ ET DE LA RECHERCHE MÉDICALE) [FR]/[FR]
  • CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE (CNRS) [FR]/[FR]
  • UNIVERSITÉ D'AIX MARSEILLE [FR]/[FR]
  • INSTITUT JEAN PAOLI & IRENE CALMETTES [FR]/[FR]
Inventors
  • MAS, Eric
  • IOVANNA, Juan
  • DUSETTI, Nelson
  • SILVY, Françoise
  • MOHAMED ABD-EL-HALIM, Yousra
Agents
  • INSERM TRANSFERT
Priority Data
21305391.129.03.2021EP
Publication Language English (en)
Filing Language English (EN)
Designated States
Title
(EN) NEW METHOD TO EVALUATE PANCREATIC CANCER PROGNOSIS
(FR) NOUVEAU PROCÉDÉ POUR L'ÉVALUATION DU PRONOSTIC DU CANCER PANCRÉATIQUE
Abstract
(EN) The present invention relates to the prediction of the survival time of a patient suffering of a pancreatic cancer. In this study, the inventors aimed to determine whether PDAC could be stratified on the basis of their GT gene expression profiles involved in the biosynthesis of glycoconjugates. By using bioinformatic analysis of RNA-seq data focused on 169 GT genes from patient-derived xenografts (PDX), they have identified a combination of 19 GT, which was able to discriminate 3 clusters of PDAC associated with specific molecular profiles and clinical features of patients. These GT genes were validated on public databases as a prognostic glyco-signature, which could allow best patient care in the future and also highlight new potential targets for diagnosis and prognosis of PDAC. Thus, the invention relates to a method for predicting the survival time of a patient suffering from a pancreatic cancer comprising i) determining in a sample obtained from the patient the expression level of at least one gene selected in the group consisting in GALNT9, A4GNT, B3GALT5, B3GNT6, C1GALT1, FUT2, FUT3, FUT4, FUT6, GALNT4, GALNT6, GALNT12, GCNT1, GYG2, LFNG, MGAT5, ST6GALNAC1, ST8SIA3 and XYLT.
(FR) La présente invention concerne la prédiction du temps de survie d'un patient souffrant d'un cancer pancréatique. Dans la présente invention, les inventeurs ont cherché à déterminer si les adénocarcinomes pancréatiques (PDAC) pouvaient être stratifiés sur la base de leurs profils d'expression génétique de glycosyltransférase (GT) impliqués dans la biosynthèse des glycoconjugués. En utilisant une analyse bioinformatique des données d'ARN-seq axée sur 169 gènes GT provenant de xénogreffes dérivées de patients (PDX), les inventeurs ont identifié une combinaison de 19 GT, capable de discriminer 3 groupes de PDAC associés à des profils moléculaires et des caractéristiques cliniques spécifiques des patients. Ces gènes GT ont été validés sur des bases de données publiques en tant que glyco-signature pronostique, ce qui pourrait permettre une meilleure prise en charge des patients à l'avenir et également mettre en évidence de nouvelles cibles potentielles pour le diagnostic et le pronostic du PDAC. Ainsi, l'invention concerne un procédé pour prédire le temps de survie d'un patient souffrant d'un cancer pancréatique comprenant l'étape suivante : i) détermination dans un échantillon prélevé sur le patient du niveau d'expression d'au moins un gène choisi dans le groupe constitué par GALNT9, A4GNT, B3GALT5, B3GNT6, C1GALT1, FUT2, FUT3, FUT4, FUT6, GALNT4, GALNT6, GALNT12, GCNT1, GYG2, LFNG, MGAT5, ST6GALNAC1, ST8SIA3 et XYLT.
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