(EN) A method is provided for determining a sample genome from a plurality of read fragments and a reference genome. The method includes: (i) applying a first putative variant event, selected from a set of candidate variant events, to the sample genome to update the sample genome; (ii) mapping the plurality of read fragments to the updated sample genome; (hi) based on the mapping of the plurality of read fragments to the updated sample genome, determining a first read mapping cost function; and (iv) based on the first read mapping cost function, retaining the updated sample genome and removing the first putative variant event from the set of candidate variant events.
(FR) L'invention concerne un procédé de détermination d'un génome échantillon à partir d'une pluralité de fragments de lecture et d'un génome de référence. Le procédé comprend : (I) appliquer un premier événement de variant putatif, choisi parmi un ensemble d'événements de variants candidats, au génome échantillon pour mettre à jour le génome échantillon ; (ii) mettre en correspondance la pluralité de fragments de lecture avec le génome échantillon mis à jour ; (iii) sur la base de la mise en correspondance de la pluralité de fragments de lecture avec le génome échantillon mis à jour, déterminer une première fonction de coût de mise en correspondance de lecture ; et (iv) sur la base de la première fonction de coût de mise en correspondance de lecture, retenir le génome échantillon mis à jour et retirer le premier événement de variant putatif de l'ensemble d'événements de variants candidats.
