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1. WO2022010918 - SYSTEMS, METHODS AND APPLICATIONS FOR FUNCTIONAL LINKAGE OF CHROMOSOMAL POSITIONS

Publication Number WO/2022/010918
Publication Date 13.01.2022
International Application No. PCT/US2021/040542
International Filing Date 06.07.2021
IPC
C12Q 1/68 2018.1
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
1Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
68involving nucleic acids
C12N 15/63 2006.1
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
15Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
09Recombinant DNA-technology
63Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
A61P 35/04 2006.1
AHUMAN NECESSITIES
61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
35Antineoplastic agents
04specific for metastasis
Applicants
  • ARPEGGIO BIOSCIENCES, INC. [US]/[US]
Inventors
  • READ, Timothy
  • AZOFEIFA, Joseph
  • LAI, Maria
  • BASKEN, Joel
Agents
  • DEPPE, Jon P.
Priority Data
63/048,25306.07.2020US
63/074,98004.09.2020US
Publication Language English (en)
Filing Language English (EN)
Designated States
Title
(EN) SYSTEMS, METHODS AND APPLICATIONS FOR FUNCTIONAL LINKAGE OF CHROMOSOMAL POSITIONS
(FR) SYSTÈMES, MÉTHODES ET APPLICATIONS POUR UNE LIAISON FONCTIONNELLE DE POSITIONS CHROMOSOMIQUES
Abstract
(EN) A method of functionally linking two or more genetic loci, including exposing a cell sample to a plurality of different stimuli in parallel for a period of time sufficient to elicit a transcriptional response directly or indirectly; performing a transcriptional run-on assay on the exposed cell samples where nascent RNA transcripts are labeled and isolating cellular RNA from the cell samples; enriching and sequencing the nascent RNA library and mapping it to a reference genome; and identifying active enhancers throughout the genome and correlating enhancer activity with gene expression across the cell samples. A method of screening a therapy for induction of ferroptosis, including exposing a cell line to a potential therapy; measuring induction of HMOX1 resulting from the exposing; and identifying the potential therapy as passing or failing the screening test based on the measured induction of HMOX1.
(FR) L'invention concerne une méthode de liaison fonctionnelle de deux loci génétiques ou plus, consistant à exposer un échantillon cellulaire à une pluralité de stimuli différents en parallèle pendant une période de temps suffisante pour provoquer une réponse transcriptionnelle directement ou indirectement ; à réaliser un essai de transcription de type « Run-on » sur les échantillons de cellules exposés dans lesquels des transcrits d'ARN naissant sont marqués et à isoler l'ARN cellulaire émanant des échantillons cellulaires ; à enrichir et séquencer la banque d'ARN naissant et à la mettre en correspondance avec un génome de référence ; et à identifier des amplificateurs actifs dans l'ensemble du génome et corréler l'activité d'amplificateurs avec l'expression génique à travers les échantillons cellulaires. L'invention concerne également une méthode de criblage d'une thérapie pour l'induction de la ferroptose, consistant à exposer une lignée cellulaire à une thérapie potentielle ; à mesurer l'induction de HMOX1 résultant de l'exposition ; et à identifier la thérapie potentielle en tant que réussite ou échec du test de criblage sur la base de l'induction mesurée de HMOX1.
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