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1. WO2022008311 - GENOMIC INFORMATION COMPRESSION BY CONFIGURABLE MACHINE LEARNING-BASED ARITHMETIC CODING

Publication Number WO/2022/008311
Publication Date 13.01.2022
International Application No. PCT/EP2021/067960
International Filing Date 30.06.2021
IPC
G16B 50/50 2019.1
GPHYSICS
16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
50ICT programming tools or database systems specially adapted for bioinformatics
50Compression of genetic data
G16B 30/00 2019.1
GPHYSICS
16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
30ICT specially adapted for sequence analysis involving nucleotides or amino acids
H03M 7/30 2006.1
HELECTRICITY
03BASIC ELECTRONIC CIRCUITRY
MCODING, DECODING OR CODE CONVERSION, IN GENERAL
7Conversion of a code where information is represented by a given sequence or number of digits to a code where the same information is represented by a different sequence or number of digits
30Compression; Expansion; Suppression of unnecessary data, e.g. redundancy reduction
Applicants
  • KONINKLIJKE PHILIPS N.V. [NL]/[NL]
Inventors
  • CHANDAK, Shubham
  • CHEUNG, Yee, Him
Agents
  • PHILIPS INTELLECTUAL PROPERTY & STANDARDS
Priority Data
63/050,19310.07.2020US
Publication Language English (en)
Filing Language English (EN)
Designated States
Title
(EN) GENOMIC INFORMATION COMPRESSION BY CONFIGURABLE MACHINE LEARNING-BASED ARITHMETIC CODING
(FR) COMPRESSION D'INFORMATIONS GÉNOMIQUES PAR CODAGE ARITHMÉTIQUE BASÉ SUR UN APPRENTISSAGE MACHINE CONFIGURABLE
Abstract
(EN) A method and a system for decoding MPEG-G encoded data of genomic information, including: receiving MPEG-G encoded data; extracting encoding parameters; selecting an arithmetic decoding type based upon the extracted encoding parameters; selecting a predictor type specifying the method to obtain probabilities of symbols which were used for arithmetically encoding the data, based upon the extracted encoding parameters; selecting arithmetic coding contexts based upon the extracted encoding parameters; and decoding the encoded data using the selected predictor and the selected arithmetic coding contexts.
(FR) La présente invention concerne un procédé et un système permettant de décoder des données codées MPEG-G d'informations génomiques, consistant : à recevoir des données codées MPEG-G ; à extraire des paramètres de codage ; à sélectionner un type de décodage arithmétique sur la base des paramètres de codage extraits ; à sélectionner un type de prédicteur spécifiant le procédé pour obtenir des probabilités de symboles qui ont été utilisés pour coder arithmétiquement les données, sur la base des paramètres de codage extraits ; à sélectionner des contextes de codage arithmétique sur la base des paramètres de codage extraits ; et à décoder les données codées à l'aide du prédicteur sélectionné et des contextes de codage arithmétique sélectionnés.
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