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1. WO2022006455 - SYSTEMS AND METHODS FOR DETECTION OF LOW-ABUNDANCE MOLECULAR BARCODES FROM A SEQUENCING LIBRARY

Publication Number WO/2022/006455
Publication Date 06.01.2022
International Application No. PCT/US2021/040181
International Filing Date 01.07.2021
IPC
G16B 30/00 2019.1
GPHYSICS
16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
30ICT specially adapted for sequence analysis involving nucleotides or amino acids
Applicants
  • 10X GENOMICS, INC. [US]/[US]
Inventors
  • RIORDAN, Daniel P.
  • ALEXIS, Maria
  • ARTHUR, Joseph Glenn
  • HILL, Andrew John
Agents
  • NOVAK, Jason J.
Priority Data
63/047,89102.07.2020US
Publication Language English (en)
Filing Language English (EN)
Designated States
Title
(EN) SYSTEMS AND METHODS FOR DETECTION OF LOW-ABUNDANCE MOLECULAR BARCODES FROM A SEQUENCING LIBRARY
(FR) SYSTÈMES ET PROCÉDÉS DE DÉTECTION DE CODES À BARRES MOLÉCULAIRES À FAIBLE ABONDANCE À PARTIR D'UNE BIBLIOTHÈQUE DE SÉQUENÇAGE
Abstract
(EN) In one aspect, a method for filtering out erroneous sequence reads from a genomic sequence dataset, is disclosed. The genomic sequence dataset is received by one or more processors. The dataset is comprised of a plurality of fragment sequence reads, each with an associated barcode sequence and a unique identifier sequence. A threshold value for filtering out select fragment sequence reads from the genomic sequence dataset is determined by the one or more processors. The threshold value is a number of fragment sequence reads in the genomic sequence dataset with the same unique identifier sequence. Fragment sequence reads with the same unique identifier sequence occurring at less than the threshold value in the genomic sequence dataset is filtered out by the one or more processors. A filtered genomic sequence dataset is generated by the one or more processors.
(FR) Selon un aspect, l'invention concerne un procédé de filtrage de lectures de séquences erronées à partir d'un ensemble de données de séquences génomiques. L'ensemble de données de séquences génomiques est reçu par un ou plusieurs processeurs. L'ensemble de données est constitué d'une pluralité de lectures de séquences de fragments, chacune avec une séquence de code à barres associée et une séquence d'identifiant unique. Une valeur de seuil pour filtrer des lectures de séquences de fragments sélectionnées à partir de l'ensemble de données de séquences génomiques est déterminée par le ou les processeurs. La valeur de seuil est un nombre de lectures de séquences de fragments dans l'ensemble de données de séquences génomiques avec la même séquence d'identifiant unique. Les lectures de séquences de fragments avec la même séquence d'identifiant unique se produisant en dessous de la valeur de seuil dans l'ensemble de données de séquences génomiques sont filtrées par le ou les processeurs. Un ensemble de données de séquences génomiques filtré est généré par le ou les processeurs.
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