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1. WO2020227299 - DOWNSCALING PARAMETERS TO DESIGN EXPERIMENTS AND PLATE MODELS FOR MICRO-ORGANISMS AT SMALL SCALE TO IMPROVE PREDICTION OF PERFORMANCE AT LARGER SCALE

Publication Number WO/2020/227299
Publication Date 12.11.2020
International Application No. PCT/US2020/031482
International Filing Date 05.05.2020
IPC
G16B 5/00 2019.01
GPHYSICS
16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
5ICT specially adapted for modelling or simulations in systems biology, e.g. gene-regulatory networks, protein interaction networks or metabolic networks
G16B 40/00 2019.01
GPHYSICS
16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
40ICT specially adapted for biostatistics; ICT specially adapted for bioinformatics-related machine learning or data mining, e.g. knowledge discovery or pattern finding
Applicants
  • ZYMERGEN INC. [US]/[US]
Inventors
  • DE KOK, Stefan
  • ENYEART, Peter
  • HANSEN, Richard
  • HAUCK, Trent
  • HUMPHRIES, Crystal
  • LIEDER, Sarah
  • SERBER, Zacharia
  • SHELLMAN, Erin
  • TAYLOR, Amelia
  • TREYNOR, Thomas
  • TYNER, Kristina
Agents
  • SALTZBERG, Robert A
  • SPOLYAR, Mark James
  • PATEL, Satyadev Rajesh
Priority Data
62/844,97508.05.2019US
Publication Language English (EN)
Filing Language English (EN)
Designated States
Title
(EN) DOWNSCALING PARAMETERS TO DESIGN EXPERIMENTS AND PLATE MODELS FOR MICRO-ORGANISMS AT SMALL SCALE TO IMPROVE PREDICTION OF PERFORMANCE AT LARGER SCALE
(FR) RÉDUCTION D'ÉCHELLE DE PARAMÈTRES POUR CONCEVOIR DES EXPÉRIENCES ET MODÈLES DE PLAQUES POUR DES MICRO-ORGANISMES À PETITE ÉCHELLE POUR AMÉLIORER LA PRÉDICTION DES PERFORMANCES À UNE PLUS GRANDE ÉCHELLE
Abstract
(EN)
Systems, methods and computer-readable media are provided for designing experiments for organisms at a first scale to generate first-scale performance data used in predicting performance of the organisms at a second, larger scale. The design includes determining first-scale screening conditions based at least in part upon the contribution of second-scale conditions to performance parameters of an organism at the second scale. The first-scale screening conditions include one or more proxies for second-scale conditions that cannot be replicated at first scale. The design determines first-scale screening parameters based at least in part upon computer modeling of the metabolism of the organism at the second scale.
(FR)
L'invention concerne des systèmes, des procédés et des supports lisibles par ordinateur pour concevoir des expériences pour des organismes à une première échelle afin de générer des données de performance à première échelle utilisées dans la prédiction des performances des organismes à une deuxième échelle plus grande. La conception comprend la détermination de conditions de dépistage à première échelle en se basant au moins en partie sur la contribution de conditions de deuxième échelle à des paramètres de performance d'un organisme à la deuxième échelle. Les conditions de sélection de première échelle comprennent un ou plusieurs mandataires pour des conditions de deuxième échelle qui ne peuvent pas être répliquées à la première échelle. La conception détermine des paramètres de dépistage à première échelle en se basant au moins en partie sur la modélisation informatique du métabolisme de l'organisme à la deuxième échelle.
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