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1. WO2020071501 - CELL-INFORMATION PROCESSING METHOD

Publication Number WO/2020/071501
Publication Date 09.04.2020
International Application No. PCT/JP2019/039182
International Filing Date 03.10.2019
IPC
C12Q 1/06 2006.01
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
1Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
02involving viable microorganisms
04Determining presence or kind of microorganism; Use of selective media for testing antibiotics or bacteriocides; Compositions containing a chemical indicator therefor
06Quantitative determination
C12Q 1/6869 2018.01
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
1Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
68involving nucleic acids
6869Methods for sequencing
G01N 33/48 2006.01
GPHYSICS
01MEASURING; TESTING
NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
33Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/-G01N31/131
48Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
CPC
C12Q 1/06
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS
1Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms
02involving viable microorganisms
04Determining presence or kind of microorganism; Use of selective media for testing antibiotics or bacteriocides; Compositions containing a chemical indicator therefor
06Quantitative determination
C12Q 1/6869
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS
1Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms
68involving nucleic acids
6869Methods for sequencing
G01N 33/48
GPHYSICS
01MEASURING; TESTING
NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
33Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
48Biological material, e.g. blood, urine
Applicants
  • 富士フイルム株式会社 FUJIFILM CORPORATION [JP]/[JP]
Inventors
  • 寺尾 隆宏 TERAO Takahiro
Agents
  • 伊東 秀明 ITOH Hideaki
  • 三橋 史生 MITSUHASHI Fumio
Priority Data
2018-18844903.10.2018JP
Publication Language Japanese (JA)
Filing Language Japanese (JA)
Designated States
Title
(EN) CELL-INFORMATION PROCESSING METHOD
(FR) PROCÉDÉ DE TRAITEMENT D'INFORMATIONS SUR LES CELLULES
(JA) 細胞情報処理方法
Abstract
(EN)
The purpose of the present invention is to provide a cell-information processing method for efficiently analyzing mechanisms of action of changes in individual cell populations in the presence of a mixture of different multiple types of cell populations. A cell-information processing method according to the present invention includes: a cell retrieving step for preparing at least two prescribed vessels in which target cell groups containing different multiple types of cells are seeded, subjecting the target cells to a prescribed cell stimulation to culture said cells, and retrieving all of the cells, one vessel at a time, at two or more points in time; a single-cell preparing step for preparing single cells from all of the cells retrieved at each point in time; a single-cell-data acquiring step for acquiring single-cell data from the individual cells prepared as single cells at each point in time; a grouping step for grouping, on the basis of the single-cell data at each point in time, all of the cells retrieved at each point in time into multiple cell populations having a common first cell characteristic to plot said cell populations on a two-dimensional plane or in a three-dimensional space, performing processing for identifying, on the basis of a second cell characteristic, cell types of the grouped individual cell populations, and acquiring a clustering result at each point in time; a cell-change detecting step for comparing the clustering results at the individual points in time, thereby detecting changes over time in the cell populations of the same cell types; and a mechanism-of-action analyzing step for analyzing, on the basis of the detection results, mechanisms of action of the changes over time in the cell populations of the same cell types.
(FR)
L'invention a pour but de fournir un procédé de traitement d'informations sur les cellule permettant d'analyser efficacement les mécanismes d'action des changements dans des populations de cellules individuelles en présence d'un mélange de différents types de populations de cellules. Le procédé de traitement d'informations de cellule selon la présente invention comprend les étapes suivantes : récupération de cellules pour préparer au moins deux récipients prescrits dans lesquels des groupes de cellules cibles contenant différents types multiples cellulaires sont ensemencés, soumettre les cellules cibles à une stimulation cellulaire prescrite pour cultiver lesdites cellules, et récupérer toutes les cellules, un récipient à la fois, à deux moments ou plus dans le temps; préparation de cellules individuelles servant à préparer des cellules individuelles à partir de toutes les cellules récupérées à chaque moment donné; acquisition de données pour cellules individuelles servant à acquérir des données sur des cellules individuelles à partir des cellules individuelles préparées en tant que cellules individuelles à chaque moment donné; regroupement servant à regrouper, sur la base des données sur les cellules individuelles à chaque moment donné, toutes les cellules récupérées à chaque moment donné dans de multiples populations de cellules ayant une première caractéristique cellulaire commune pour tracer lesdites populations de cellules sur un plan bidimensionnel ou dans un espace tridimensionnel, effectuer un traitement pour identifier, sur la base d'une seconde caractéristique cellulaire, des types cellulaires provenant des populations de cellules individuelles groupées, et acquérir un résultat de regroupement à chaque moment donné; détection de changement de cellule pour comparer les résultats de regroupement aux moment donnés individuels, ce qui permet de détecter des changements dans le temps dans les populations de cellules des mêmes types cellulaires; et analyse des mécanismes d'action servant à analyser, sur la base des résultats de détection, des mécanismes d'action des changements dans le temps dans les populations de cellules des mêmes types cellulaires.
(JA)
本発明の目的は、異なる複数の種類の細胞集団が混在する場合に、個々の細胞集団の変化の作用機序を効率的に解析するための細胞情報処理方法を提供することである。本発明の細胞情報処理方法は、異なる複数種類の細胞を含む対象細胞群を播種した所定の容器を少なくとも2以上用意し、前記対象細胞群に対し、所定の細胞刺激を与えて培養し、2以上の時点で、1つの容器内にある全細胞を回収する細胞回収ステップと、各時点で回収した全細胞をシングルセル化するシングルセル化ステップと、各時点のシングルセル化された各細胞からシングルセルデータを取得するシングルセルデータ取得ステップと、各時点の前記シングルセルデータに基づいて、各時点で回収された全細胞を共通の第1の細胞特徴を有する複数の細胞集団にグループ分けして二次元平面又は三次元空間上にプロットし、且つ、第2の細胞特徴に基づいて、グループ分けした各細胞集団の細胞種を同定する処理を行い、各時点におけるクラスタリング結果を取得するグルーピングステップと、前記各時点におけるクラスタリング結果を比較することにより、同じ細胞腫の前記細胞集団の経時的な変化を検出する細胞変化検出ステップと、前記検出結果に基づいて、前記同じ細胞腫の細胞集団の経時的な変化の作用機序を解析する作用機序解析ステップと、を含む、細胞情報処理方法である。
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