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1. WO2020008071 - METHOD AND COMPUTER PROGRAM FOR CLUSTERING LARGE MULTIPLEXED SPATIALLY RESOLVED DATA OF A BIOLOGICAL SAMPLE

Publication Number WO/2020/008071
Publication Date 09.01.2020
International Application No. PCT/EP2019/068181
International Filing Date 05.07.2019
IPC
G PHYSICS
06
COMPUTING; CALCULATING; COUNTING
K
RECOGNITION OF DATA; PRESENTATION OF DATA; RECORD CARRIERS; HANDLING RECORD CARRIERS
9
Methods or arrangements for reading or recognising printed or written characters or for recognising patterns, e.g. fingerprints
G PHYSICS
06
COMPUTING; CALCULATING; COUNTING
K
RECOGNITION OF DATA; PRESENTATION OF DATA; RECORD CARRIERS; HANDLING RECORD CARRIERS
9
Methods or arrangements for reading or recognising printed or written characters or for recognising patterns, e.g. fingerprints
62
Methods or arrangements for recognition using electronic means
[IPC code unknown for G16B 25]
G06K 9/00 (2006.01)
G06K 9/62 (2006.01)
G16B 25/00 (2019.01)
CPC
G06K 9/0014
G06K 9/6224
G06K 9/6251
Applicants
  • UNIVERSITÄT ZÜRICH [CH/CH]; Rämistr. 71 8006 Zürich, CH
Inventors
  • PELKMANS, Lucas; CH
  • GUT, Gabriele; CH
Agents
  • SCHULZ JUNGHANS PATENTANWÄLTE PARTGMBB; Großbeerenstr. 71 10963 Berlin, DE
Priority Data
18182243.806.07.2018EP
19154219.029.01.2019EP
Publication Language English (EN)
Filing Language English (EN)
Designated States
Title
(EN) METHOD AND COMPUTER PROGRAM FOR CLUSTERING LARGE MULTIPLEXED SPATIALLY RESOLVED DATA OF A BIOLOGICAL SAMPLE
(FR) PROCÉDÉ ET PROGRAMME INFORMATIQUE PERMETTANT DE REGROUPER LES DONNÉES VOLUMINEUSES À RÉSOLUTION SPATIALE MULTIPLEXÉES D'UN ÉCHANTILLON BIOLOGIQUE
Abstract
(EN)
The invention relates to a method for processing large multiplexed image data of a biological sample, the method comprising the steps of, recording a plurality of images of a biological sample, wherein the plurality of images comprises images having a different entity of the biological sample targeted with a predefined stain, determining spatially corresponding image pixels in the plurality of registered images, associating the spatially corresponding image pixels to a pixel profile, wherein each pixel profile comprises the pixel values of the spatially corresponding pixels and wherein the pixel profile is associated with the respective image coordinate of the spatially corresponding pixels, pooling the pixel profiles by means of a clustering method configured to determine pixel profiles with similar values, and thereby generating a plurality of clusters, each comprising pixel profiles with similar pixel values, for each cluster assigning a cluster value to the image coordinate of the pixel profiles comprised by said cluster and thereby generating a cluster image with cluster pixels.
(FR)
L'invention concerne un procédé permettant de traiter les données d'image volumineuses multiplexées d'un échantillon biologique, ledit procédé consistant à : enregistrer une pluralité d'images d'un échantillon biologique, la pluralité d'images comprenant des images ayant une entité différente de l'échantillon biologique ciblé par une teinte prédéfinie ; déterminer les pixels d'image spatialement correspondants dans la pluralité d'images enregistrées ; associer les pixels d'image spatialement correspondants à un profil de pixel, chaque profil de pixel comprenant les valeurs des pixels spatialement correspondants et le profil de pixel étant associé à la coordonnée d'image respective des pixels spatialement correspondants ; regrouper les profils de pixel au moyen d'un procédé de groupement configuré pour déterminer des profils de pixel avec des valeurs similaires et générer ainsi une pluralité de groupes comprenant chacun des profils de pixel avec des valeurs de pixel similaires ; pour chaque groupe, attribuer une valeur de groupe à la coordonnée d'image des profils de pixel inclus dans ledit groupe et générer ainsi une image de groupe avec des pixels de groupe.
Latest bibliographic data on file with the International Bureau