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1. WO2020001416 - METHOD FOR DETERMINING DNA METHYLATION LEVEL AT SPECIFIC SITE IN BIOLOGICAL SAMPLE AND APPLICATION THEREOF

Publication Number WO/2020/001416
Publication Date 02.01.2020
International Application No. PCT/CN2019/092657
International Filing Date 25.06.2019
IPC
C CHEMISTRY; METALLURGY
12
BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
Q
MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES OR MICRO-ORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
1
Measuring or testing processes involving enzymes or micro-organisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
68
involving nucleic acids
C CHEMISTRY; METALLURGY
12
BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
Q
MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES OR MICRO-ORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
1
Measuring or testing processes involving enzymes or micro-organisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
G PHYSICS
01
MEASURING; TESTING
N
INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
21
Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using infra-red, visible, or ultra-violet light
62
Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light
63
optically excited
64
Fluorescence; Phosphorescence
G PHYSICS
01
MEASURING; TESTING
N
INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
21
Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using infra-red, visible, or ultra-violet light
C12Q 1/68 (2018.01)
C12Q 1/00 (2006.01)
G01N 21/64 (2006.01)
G01N 21/00 (2006.01)
CPC
C12Q 1/00
C12Q 1/68
C12Q 1/6883
C12Q 1/6886
G01N 21/00
G01N 21/64
Applicants
  • 深圳市圣必智科技开发有限公司 SHENZHEN SHENGBIZHI SCIENCE AND TECHNOLOGY DEVELOPMENT CO., LTD. [CN/CN]; 中国广东省深圳市 南山区高新南七道数字技术园B1栋3A2-2梁艳妮 LIANG, Yanni 3A2-2, Bldg., B1, Digital-Tech Park, High-Tech South 7th Road, Sci & Tech Park, Nanshan, Shenzhen, Guangdong 518057, CN
Inventors
  • 陈琦 CHEN, Qi; CN
  • 梁昊原 LIANG, Haoyuan; CN
  • 谷东风 GU, Dongfeng; CN
Priority Data
201810665835.726.06.2018CN
Publication Language Chinese (ZH)
Filing Language Chinese (ZH)
Designated States
Title
(EN) METHOD FOR DETERMINING DNA METHYLATION LEVEL AT SPECIFIC SITE IN BIOLOGICAL SAMPLE AND APPLICATION THEREOF
(FR) PROCÉDÉ DE DÉTERMINATION DU NIVEAU DE MÉTHYLATION DE L'ADN AU NIVEAU D'UN SITE SPÉCIFIQUE DANS UN ÉCHANTILLON BIOLOGIQUE ET APPLICATION ASSOCIÉE
(ZH) 测定生物样本中特异位点DNA甲基化水平的方法及其应用
Abstract
(EN)
A method for determining a DNA methylation level at a specific site in a biological sample and an application thereof. The method comprises steps of: acquiring a biological sample and extracting a DNA fragment to be tested from the biological sample; modifying the DNA fragment to be tested to deaminize unmethylated cytosine in the DNA fragment so as to convert the cytosine into uracil; using the modified DNA fragment as a template DNA fragment, and using a first primer and a second primer to perform PCR amplification on the template DNA fragment from both sides of the template DNA fragment, respectively; processing the PCR product amplified by PCR to remove excessive first primers, second primers, and dNTPs, and performing purification and recovery; detecting methylation and demethylation fluorescence polarization values of a CpG site of the DNA fragment; and calculating, according to the methylation and demethylation fluorescence polarization values of the CpG site of the DNA fragment to be tested, the methylation level of the DNA fragment.
(FR)
L'invention concerne un procédé de détermination d'un niveau de méthylation d'ADN au niveau d'un site spécifique dans un échantillon biologique et une application associée. Le procédé comprend les étapes suivantes : acquisition d'un échantillon biologique et extraction d'un fragment d'ADN à tester à partir de l'échantillon biologique ; modification du fragment d'ADN à tester pour désaminer la cytosine non méthylée dans le fragment d'ADN de façon à convertir la cytosine en uracile ; utilisation du fragment d'ADN modifié en tant que fragment d'ADN matrice, et utilisation d'une première amorce et d'une seconde amorce pour effectuer une amplification par PCR sur le fragment d'ADN matrice à partir des deux côtés du fragment d'ADN matrice, respectivement ; traitement du produit de PCR amplifié par PCR pour éliminer des premières amorces, secondes amorces et dNTP en excès, et réalisation d'une purification et d'une récupération ; détection de valeurs de polarisation de fluorescence de méthylation et de déméthylation d'un site CpG du fragment d'ADN ; et calcul, en fonction des valeurs de polarisation de fluorescence de méthylation et de déméthylation du site CpG du fragment d'ADN à tester, du niveau de méthylation du fragment d'ADN.
(ZH)
一种测定生物样本中特异位点DNA甲基化水平的方法及其应用。该方法包括步骤:获取生物样本,并提取生物样本中的待测DNA片段;修饰待测DNA片段,将待测DNA片段中未发生甲基化的胞嘧啶脱氨基转变成尿嘧啶;以修饰后的DNA片段为模板DNA片段,以第一引物和第二引物分别从模板DNA片段两侧对模板DNA片段进行PCR扩增;处理经过PCR扩增后的PCR产物,去除多余的第一引物、第二引物和dNTPs,并纯化回收;检测待测DNA片段CpG位点的甲基化和去甲基化荧光偏振值;根据待测DNA片段CpG位点的甲基化和去甲基化荧光偏振值计算待测DNA片段的甲基化水平。
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