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1. (WO2019050902) METHODS TO DETERMINE THE SENSITIVITY PROFILE OF A BACTERIAL STRAIN TO A THERAPEUTIC COMPOSITION
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Pub. No.: WO/2019/050902 International Application No.: PCT/US2018/049481
Publication Date: 14.03.2019 International Filing Date: 05.09.2018
IPC:
G06F 19/18 (2011.01) ,G06F 19/24 (2011.01)
G PHYSICS
06
COMPUTING; CALCULATING; COUNTING
F
ELECTRIC DIGITAL DATA PROCESSING
19
Digital computing or data processing equipment or methods, specially adapted for specific applications
10
Bioinformatics, i.e. methods or systems for genetic or protein-related data processing in computational molecular biology
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for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations, linkage disequilibrium, population genetics, binding site identification, mutagenesis, genotyping or genome annotation, protein-protein interactions or protein-nucleic acid interactions
G PHYSICS
06
COMPUTING; CALCULATING; COUNTING
F
ELECTRIC DIGITAL DATA PROCESSING
19
Digital computing or data processing equipment or methods, specially adapted for specific applications
10
Bioinformatics, i.e. methods or systems for genetic or protein-related data processing in computational molecular biology
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for machine learning, data mining or biostatistics, e.g. pattern finding, knowledge discovery, rule extraction, correlation, clustering or classification
Applicants:
ADAPTIVE PHAGE THERAPEUTICS, INC. [US/US]; 7211 Exfair Rd Bethesda, Maryland 20814, US
Inventors:
MERRIL, Carl; US
Agent:
WALES, Michele; US
Priority Data:
62/554,52905.09.2017US
62/597,15111.12.2017US
62/673,16218.05.2018US
Title (EN) METHODS TO DETERMINE THE SENSITIVITY PROFILE OF A BACTERIAL STRAIN TO A THERAPEUTIC COMPOSITION
(FR) PROCÉDÉS DE DÉTERMINATION DU PROFIL DE SENSIBILITÉ D'UNE SOUCHE BACTÉRIENNE À UNE COMPOSITION THÉRAPEUTIQUE
Abstract:
(EN) Methods and systems for pattern search and analysis to identify and select therapeutic molecules that can be used to treat bacterial infections or contaminations. Examples include methods and systems for pattern search and analysis to identify and select bacteriophage based on comparison of the genomes of a query bacterium and/or a query phage strain to a therapeutic molecule-host training set of bacterial strains and/or phage strains in which the phage strains (or other therapeutic molecules) have been shown to have the capacity to act as an antibacterial agent by either killing, replicating in, lysing and/or inhibiting the growth of the bacterial strains in the training set. Therapeutic compositions, including phage, identified using the methods described herein can then be used to treat bacterial infections in a subject and/or contamination in the environment.
(FR) L’invention concerne des procédés et des systèmes de recherche et d'analyse de motifs pour identifier et sélectionner des molécules thérapeutiques qui peuvent être utilisées pour traiter des infections bactériennes ou des contaminations. Des exemples comprennent des procédés et des systèmes pour une recherche et une analyse de motif afin d'identifier et de sélectionner un bactériophage sur la base d'une comparaison des génomes d'une bactérie d'interrogation et/ou d'une souche de phage d'interrogation à un ensemble d'apprentissage molécule thérapeutique-hôte de souches bactériennes et/ou de souches de phage dans lesquelles les souches de phage (ou d'autres molécules thérapeutiques) ont été représentés pour avoir la capacité d'agir en tant qu'agent antibactérien par la destruction, la réplication, la lyse et/ou l'inhibition de la croissance des souches bactériennes dans l'ensemble d'apprentissage. Des compositions thérapeutiques, comprenant des phages, identifiées à l'aide des procédés de la présente invention peuvent ensuite être utilisées pour traiter des infections bactériennes chez un sujet et/ou une contamination dans l'environnement.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DJ, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JO, JP, KE, KG, KH, KN, KP, KR, KW, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW
African Regional Intellectual Property Organization (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Office (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
European Patent Office (EPO) (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG)
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)