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1. (WO2019045853) BIPARTITLE GRAPH STRUCTURE
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Pub. No.: WO/2019/045853 International Application No.: PCT/US2018/039129
Publication Date: 07.03.2019 International Filing Date: 22.06.2018
IPC:
G06F 19/28 (2011.01) ,G06F 19/12 (2011.01)
G PHYSICS
06
COMPUTING; CALCULATING; COUNTING
F
ELECTRIC DIGITAL DATA PROCESSING
19
Digital computing or data processing equipment or methods, specially adapted for specific applications
10
Bioinformatics, i.e. methods or systems for genetic or protein-related data processing in computational molecular biology
28
for programming tools or database systems, e.g. ontologies, heterogeneous data integration, data warehousing or computing architectures
G PHYSICS
06
COMPUTING; CALCULATING; COUNTING
F
ELECTRIC DIGITAL DATA PROCESSING
19
Digital computing or data processing equipment or methods, specially adapted for specific applications
10
Bioinformatics, i.e. methods or systems for genetic or protein-related data processing in computational molecular biology
12
for modelling or simulation in systems biology, e.g. probabilistic or dynamic models, gene-regulatory networks, protein interaction networks or metabolic networks
Applicants:
X DEVELOPMENT LLC [US/US]; 1600 Amphitheatre Parkway Mountain View, CA 94043, US
Inventors:
THOMPSON, Jason; US
RUSSO, Frank; US
Agent:
WHITEHEAD, Andrew P.; US
KABLER, Kevin; US
CHAI, Johnathan, L.; US
SEQUEIRA, Antonia, L.; US
BAEK, Jae, Yeon, Lmt.; US
SHUSTER, Michael, J.; US
Priority Data:
15/694,50601.09.2017US
Title (EN) BIPARTITLE GRAPH STRUCTURE
(FR) STRUCTURE DE GRAPHE BIPARTI
Abstract:
(EN) A bipartite graph structure is utilized to better store data. The bipartite graph structure may be used in a biochemical database to efficiently store a variety of molecules and processes that might occur between the molecules. Molecules are represented as molecule nodes, which may have metadata fields including a molecule name, a molecule type, a molecular formula, a sequence, a molecular charge, a set of molecular properties, and a set of component molecules. Processes operating on the molecules are represented by process nodes, which may have metadata fields including a process name, a set of process roles, a set of process properties, and a set of sub-processes. Edges, called roles, each associate a molecule node with a process node and represent the role the associated molecule plays in the associated process. The roles may contain metadata identifying the role type and the stoichiometry coefficient of the molecule in the process.
(FR) La présente invention concerne une structure de graphe biparti qui est utilisée pour mieux stocker des données. La structure de graphe biparti peut être utilisée dans une base de données biochimiques pour stocker efficacement une variété de molécules et de processus susceptibles de se produire entre les molécules. Les molécules sont représentées sous la forme de nœuds moléculaires, qui peuvent avoir des champs de métadonnées comprenant un nom de molécule, un type de molécule, une formule moléculaire, une séquence, une charge moléculaire, un ensemble de propriétés moléculaires et un ensemble de molécules de composant. Des processus fonctionnant sur les molécules sont représentés par des nœuds de traitement, qui peuvent avoir des champs de métadonnées comprenant un nom de processus, un ensemble de rôles de processus, un ensemble de propriétés de processus et un ensemble de sous-processus. Les bords, appelés rôles, associent chacun un nœud moléculaire à un nœud de processus et représentent le rôle que la molécule associée joue dans le processus associé. Les rôles peuvent contenir des métadonnées identifiant le type de rôle et le cœfficient stœchiométrique de la molécule dans le processus.
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African Regional Intellectual Property Organization (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Office (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
European Patent Office (EPO) (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG)
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)