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1. (WO2019045852) HETEROGENEOUS METHOD FOR MODELLING A BIOCHEMICAL ENVIRONMENT
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Pub. No.: WO/2019/045852 International Application No.: PCT/US2018/039127
Publication Date: 07.03.2019 International Filing Date: 22.06.2018
IPC:
G06F 19/12 (2011.01)
G PHYSICS
06
COMPUTING; CALCULATING; COUNTING
F
ELECTRIC DIGITAL DATA PROCESSING
19
Digital computing or data processing equipment or methods, specially adapted for specific applications
10
Bioinformatics, i.e. methods or systems for genetic or protein-related data processing in computational molecular biology
12
for modelling or simulation in systems biology, e.g. probabilistic or dynamic models, gene-regulatory networks, protein interaction networks or metabolic networks
Applicants:
X DEVELOPMENT LLC [US/US]; 1600 Amphitheatre Parkway Mountain View, CA 94043, US
Inventors:
THOMPSON, Jason; US
RUSSO, Frank; US
Agent:
WHITEHEAD, Andrew, P.; US
BAEK, Jae, Yeon; US
KABLER, Kevin; US
SEQUEIRA, Antonia, L.; US
CHAI, Johnathan, L.; US
Priority Data:
15/694,50001.09.2017US
Title (EN) HETEROGENEOUS METHOD FOR MODELLING A BIOCHEMICAL ENVIRONMENT
(FR) PROCÉDÉ HÉTÉROGÈNE DE MODÉLISATION D'UN ENVIRONNEMENT BIOCHIMIQUE
Abstract:
(EN) A method for simulating a biochemical environment utilizes a heterogeneous process model, which evaluates both a flux balance analysis and one or more detailed models each on a different but overlapping sets of molecules in the biochemical environment. The heterogeneous process model evaluates the flux balance analysis based on a stoichiometric matrix, a flux vector including initial internal exchange flux values, and an objective function. The heterogeneous process model evaluates the one or more detailed models based on an initial set of molecule concentrations and a plurality of detailed model parameters. The results are then used to update the exchange fluxes and molecules concentrations. The process is repeated thereby integrating the results of the flux balance analysis with the one or more detailed models.
(FR) L'invention concerne un procédé de simulation d'un environnement biochimique, faisant appel à un modèle de processus hétérogène, qui évalue à la fois une analyse de bilan de flux et un ou plusieurs modèles détaillés, chacun sur des ensembles différents mais se chevauchant de molécules dans l'environnement biochimique. Le modèle de processus hétérogène évalue l'analyse de bilan de flux d'après une matrice stœchiométrique, un vecteur de flux comprenant des valeurs initiales de flux d'échange interne, et une fonction objectif. Le modèle de processus hétérogène évalue le ou les modèles détaillés d'après un ensemble initial de concentrations de molécules et une pluralité de paramètres de modèles détaillés. Les résultats sont ensuite utilisés pour actualiser les flux d'échange et concentrations de molécules. Le processus est répété, intégrant ainsi les résultats de l'analyse de bilan de flux avec le ou les modèles détaillés.
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Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)