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1. (WO2019044126) METHOD FOR ESTIMATING MICROBIAL DENSITY AND MICROARRAY FOR ESTIMATING MICROBIAL DENSITY
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Pub. No.: WO/2019/044126 International Application No.: PCT/JP2018/023392
Publication Date: 07.03.2019 International Filing Date: 20.06.2018
IPC:
C12Q 1/6874 (2018.01) ,C12M 1/00 (2006.01) ,C12N 15/09 (2006.01)
[IPC code unknown for C12Q 1/6874]
C CHEMISTRY; METALLURGY
12
BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
M
APPARATUS FOR ENZYMOLOGY OR MICROBIOLOGY
1
Apparatus for enzymology or microbiology
C CHEMISTRY; METALLURGY
12
BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
N
MICRO-ORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICRO-ORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
15
Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
09
Recombinant DNA-technology
Applicants:
東洋製罐グループホールディングス株式会社 TOYO SEIKAN GROUP HOLDINGS, LTD. [JP/JP]; 東京都品川区東五反田2丁目18番1号 18-1, Higashi-Gotanda 2-chome, Shinagawa-ku, Tokyo 1418627, JP
Inventors:
大津 貴義 OTSU Takayoshi; JP
道志 弘輝 DOUSHI Hiroki; JP
一色 淳憲 ISSHIKI Atsunori; JP
Agent:
生富 成一 IKUTOMI Shigekazu; JP
Priority Data:
2017-16528730.08.2017JP
Title (EN) METHOD FOR ESTIMATING MICROBIAL DENSITY AND MICROARRAY FOR ESTIMATING MICROBIAL DENSITY
(FR) PROCÉDÉ POUR L'ESTIMATION DE LA DENSITÉ MICROBIENNE ET MICRORÉSEAU POUR L'ESTIMATION DE LA DENSITÉ MICROBIENNE
(JA) 微生物密度の推定方法、及び微生物密度推定用マイクロアレイ
Abstract:
(EN) [Problem] To enable the estimation of the density of microorganisms in an environment. [Solution] A method for estimating the density of microorganisms, said method comprising using the after-mentioned probes a and b, measuring signal values which indicate the hybridization levels of the probes with a polynucleotide derived from the target microorganisms, and determining to which of the after-mentioned patterns 1 to 3 the microbial density belongs on the basis of the signal values and a threshold. Probe a: A probe which comprises a base sequence specifically hybridizable with the polynucleotide and shows a signal value being equal to or higher than the threshold at density α. Probe(s) b: One or more probes which comprise a base sequence specifically hybridizable with the polynucleotide and show a signal value being equal to or higher than the threshold at density β that is lower than density α. Pattern 1: When both of the signal values of probes a and b are equal to or higher than the threshold, the density is equal to or higher than α. Pattern 2: When the signal value of probe a is lower than the threshold and the signal value of probe b is equal to or higher than the threshold, the density is equal to or higher than β and lower than α. Pattern 3: When both of the signal values of probes a and b are lower than the threshold, the density is lower than β.
(FR) L'invention a pour objet de permettre l'estimation de la densité de microorganismes dans un environnement. À cet effet l'invention porte sur un procédé pour l'estimation de la densité de microorganismes, ledit procédé comprenant l'utilisation des sondes a et b mentionnées ci-après, la mesure de valeurs de signal qui indiquent les niveaux d'hybridation des sondes avec un polynucléotide dérivé des microorganismes cibles et la détermination du scénario parmi les scénarios 1 à 3 mentionnés ci-après duquel la densité microbienne relève, sur la base des valeurs de signal et d'un seuil. Sonde a : une sonde qui comprend une séquence de bases pouvant s'hybrider spécifiquement avec le polynucléotide et qui présente une valeur de signal qui est supérieure ou égale au seuil à la densité α. Sonde(s) b : une ou plusieurs sondes qui comprennent une séquence de bases pouvant s'hybrider spécifiquement avec le polynucléotide et qui présentent une valeur de signal supérieure ou égale au seuil à la densité β qui est inférieure à la densité α. Scénario 1 : lorsque les deux valeurs de signal des sondes a et b sont supérieures ou égales au seuil, la densité est supérieure ou égale à α. Scénario 2 : lorsque la valeur de signal de la sonde a est inférieure au seuil et que la valeur de signal de la sonde b est supérieure ou égale au seuil, la densité est supérieure ou égale à β et inférieure à α. Scénario 3 : lorsque les deux valeurs de signal des sondes a et b sont inférieures au seuil, la densité est inférieure à β.
(JA) 【課題】 環境中における微生物の密度を推定することを可能とする。 【解決手段】 以下のa及びbのプローブを用い、プローブが検査対象微生物由来のポリヌクレオチドとハイブリダイズした程度を示すシグナル値を測定し、この値と閾値にもとづきパターン1~3を判定して微生物の密度を推定する方法とする。a:ポリヌクレオチドと特異的にハイブリダイズする塩基配列からなり、密度αの場合に閾値以上のシグナル値を示すプローブ b:ポリヌクレオチドと特異的にハイブリダイズする塩基配列からなり、密度αよりも小さい密度βの場合に閾値以上のシグナル値を示す1つ以上のプローブ パターン1:a及びbにおけるシグナル値が両方閾値以上の場合 密度はα以上 パターン2:aにおけるシグナル値が閾値未満でbにおけるシグナル値が閾値以上の場合 密度は密度β以上α未満 パターン3:a及びbにおけるシグナル値が両方閾値未満の場合 密度はβ未満
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Publication Language: Japanese (JA)
Filing Language: Japanese (JA)