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1. (WO2019043481) CONTEXT AWARE DELTA ALGORITHM FOR GENOMIC FILES
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Pub. No.: WO/2019/043481 International Application No.: PCT/IB2018/056009
Publication Date: 07.03.2019 International Filing Date: 09.08.2018
IPC:
G06F 19/18 (2011.01) ,G06F 17/30 (2006.01)
G PHYSICS
06
COMPUTING; CALCULATING; COUNTING
F
ELECTRIC DIGITAL DATA PROCESSING
19
Digital computing or data processing equipment or methods, specially adapted for specific applications
10
Bioinformatics, i.e. methods or systems for genetic or protein-related data processing in computational molecular biology
18
for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations, linkage disequilibrium, population genetics, binding site identification, mutagenesis, genotyping or genome annotation, protein-protein interactions or protein-nucleic acid interactions
G PHYSICS
06
COMPUTING; CALCULATING; COUNTING
F
ELECTRIC DIGITAL DATA PROCESSING
17
Digital computing or data processing equipment or methods, specially adapted for specific functions
30
Information retrieval; Database structures therefor
Applicants:
INTERNATIONAL BUSINESS MACHINES CORPORATION [US/US]; New Orchard Road Armonk, New York 10504, US
IBM UNITED KINGDOM LIMITED [GB/GB]; PO Box 41, North Harbour Portsmouth Hampshire PO6 3AU, GB (MG)
IBM (CHINA) INVESTMENT COMPANY LIMITED [CN/CN]; 25/F, Pangu Plaza No.27, Central North 4th Ring Road, Chaoyang District, Beijing 100101, CN (MG)
Inventors:
MAHARANA, Adyasha; US
CONSTANTINESCU, Mihail, Corneliu; US
Agent:
FOURNIER, Kevin; GB
Priority Data:
15/693,01931.08.2017US
Title (EN) CONTEXT AWARE DELTA ALGORITHM FOR GENOMIC FILES
(FR) ALGORITHME DELTA SENSIBLE AU CONTEXTE POUR DES FICHIERS GÉNOMIQUES
Abstract:
(EN) A method, computer system, and a computer program product for compressing at least one delta file for a plurality of genomic data files is provided.The present invention may include receiving the plurality of genomic data files as input. The present invention may also include determining a plurality of rows by traversing the received plurality of genomic data files. The present invention may then include comparing the plurality of rows associated with the traversed plurality of genomic data files. The present invention may further include generating a plurality of resulting delta files based on the compared plurality of rows. The present invention may also include compressing the generated plurality of resulting delta files by utilizing a general purpose file compressor.
(FR) La présente invention concerne un procédé, un système informatique et un produit-programme d'ordinateur pour compresser au moins un fichier delta pour une pluralité de fichiers de données génomiques. La présente invention peut comprendre la réception de la pluralité des fichiers de données génomiques en tant qu'entrée.La présente invention peut également comprendre la détermination d'une pluralité de rangées en parcourant la pluralité reçue des fichiers de données génomiques. La présente invention peut comprendre ensuite la comparaison de la pluralité des rangées associée à la pluralité parcourue des fichiers de données génomiques. La présente invention peut en outre comprendre la génération d'une pluralité de fichiers delta résultants sur la base de la pluralité comparée des rangées. La présente invention peut également comprendre la compression de la pluralité générée des fichiers delta résultants à l'aide d'un compresseur de fichier à usage général.
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Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DJ, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JO, JP, KE, KG, KH, KN, KP, KR, KW, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW
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European Patent Office (EPO) (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG)
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)