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1. (WO2019030383) NUCLEIC ACID ENZYME SENSOR
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Pub. No.: WO/2019/030383 International Application No.: PCT/EP2018/071764
Publication Date: 14.02.2019 International Filing Date: 10.08.2018
IPC:
C12Q 1/6825 (2018.01) ,G01N 21/17 (2006.01)
[IPC code unknown for C12Q 1/6825]
G PHYSICS
01
MEASURING; TESTING
N
INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
21
Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using infra-red, visible, or ultra-violet light
17
Systems in which incident light is modified in accordance with the properties of the material investigated
Applicants:
KATHOLIEKE UNIVERSITEIT LEUVEN [BE/BE]; KU Leuven Research & Development Waaistraat 6 - Box 5105 3000 Leuven, BE
Inventors:
DAEMS, Devin; BE
DELPORT, Filip; BE
LAMMERTYN, Jeroen; BE
PEETERS, Bernd; BE
Priority Data:
62/54380210.08.2017US
Title (EN) NUCLEIC ACID ENZYME SENSOR
(FR) CAPTEUR D'ENZYME D'ACIDES NUCLÉIQUES
Abstract:
(EN) A method of DNAzyme activity in a fluid by a sensor that is manufactured as follows. A method of manufacturing a fiber optic surface plasmon resonance sensor tip for sensing DNAzyme activity in a fluid, the method comprising, a) providing an fiber optic surface plasmon resonance sensor (FO-SPR) tip comprising at least one first single strand DNA with distinct sequence (immobilized on the sensing surface of said the fiber optic surface plasmon resonance sensor tip, b) providing gold nanoparticles (AuNPs) comprising a second single strand DNA with distinct sequence immobilized on said the gold nanoparticles, c) providing a third distinct DNA sequence ligation template for said first and second single strand for DNA hybridizing the third distinct DNA sequence ligation template in part with said the first single strand DNA and in part with the second single strand DNA to form one FO-SPR probe and AuNP-probe complex and d) providing a selected ligase to ligate together to a selected single strand DNA construct between AuNP and FO-SPR adapted to function as a selected DNAzyme FO-SPR-AuNP-probe. An aspect of present invention is a surface plasmon resonance (SPR) real-time monitoring system of NAzyme cleavage activity manufactured by ligation of a metallic nanoparticle (NP)-labelled DNA-sequences to a SPR sensing surface and yet more particular by ligation of AuNP-labelled DNA-sequences to a FO-SPR gold surface. Furthermore, incorporation of temporary inactivating the NAzyme with an inhibitor strand or a NAzyme blocking DNA sequence, containing an internal loop for target recognition independent of the catalytic activity from the NAzyme binding arms in the SPR sensor, e.g. FO-SPR sensor, allows real-time monitoring system of NAzyme cleavage activity in function of binding of selected targets (peptides, polypeptides, protein, small molecules, nucleotides, fat groups) to the internal loop of said the inhibitor strand.
(FR) L'invention concerne un procédé de détection d'activité de DNAzyme dans un fluide par un capteur qui est fabriqué de la manière suivante. L'invention concerne en outre un procédé de fabrication d'une pointe de capteur à résonance plasmonique de surface à fibre optique pour détecter une activité DNAzyme dans un fluide, le procédé consistant à : a) utiliser une pointe de capteur de résonance plasmonique de surface à fibre optique (FO-SPR) comprenant au moins un premier ADN simple brin ayant une séquence distincte (immobilisé sur la surface de détection de ladite pointe de capteur à résonance plasmonique de surface à fibre optique, b) utiliser des nanoparticules d'or (AuNP) comprenant un second ADN simple brin ayant une séquence distincte immobilisé sur lesdites nanoparticules d'or, c) utiliser une troisième matrice de ligature de séquence d'ADN distincte pour ledit premier et ledit deuxième brin unique pour l'hybridation d'ADN de la troisième matrice de ligature de séquence d'ADN distincte en partie avec ledit premier ADN simple brin et en partie avec le deuxième ADN simple brin pour former une sonde FO-SPR et un complexe AuNP-sonde, et d) utiliser une ligase sélectionnée pour ligaturer ensemble une construction d'ADN simple brin sélectionnée entre une AuNP et FO-SPR conçue pour fonctionner en tant qu'ensemble FO-SPR-AuNP-sonde DNAzyme. Un aspect de la présente invention concerne un système de surveillance en temps réel par résonance plasmonique de surface (SPR) d'une activité de clivage de NAzyme fabriquée par la ligature de séquences d'ADN marquées par nanoparticule (NP) métallique à une surface de détection par SPR, et plus particulièrement par la ligature de séquences d'ADN marquées par AuNP à une surface d'or FO-SPR. En outre, l'incorporation d'une inactivation temporaire de la NAzyme avec un brin inhibiteur ou une séquence d'ADN de blocage de NAzyme, contenant une boucle interne pour une reconnaissance cible indépendante de l'activité catalytique à partir des bras de liaison NAzyme dans le capteur SPR, par exemple un capteur FO-SPR, permet d'obtenir un système de surveillance en temps réel de l'activité de clivage de NAzyme en fonction de la liaison de cibles sélectionnées (peptides, polypeptides, protéines, petites molécules, nucléotides, groupes gras) à la boucle interne dudit brin inhibiteur.
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Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)