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1. (WO2018200709) METHODS AND APPARATUS THAT INCREASE SEQUENCING-BY-BINDING EFFICIENCY
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Pub. No.: WO/2018/200709 International Application No.: PCT/US2018/029420
Publication Date: 01.11.2018 International Filing Date: 25.04.2018
IPC:
C12Q 1/6832 (2018.01) ,C12Q 1/6869 (2018.01)
[IPC code unknown for C12Q 1/6832][IPC code unknown for C12Q 1/6869]
Applicants:
OMNIOME, INC. [US/US]; 10575 Roselle Street San Diego, CA 92121, US
Inventors:
STROMBERG, Sean; US
VIECELI, John; US
VIJAYAN, Kandaswamy; US
OLIPHANT, Arnold; US
Agent:
TERRANOVA, Zachary, L.; US
AMENDT, Kevin, C.; US
ADAMS, Lisa; US
AZRIN, Linda, B.; US
BAUER, John, A.; US
Priority Data:
15/712,63222.09.2017US
15/922,78715.03.2018US
62/489,61025.04.2017US
62/526,51429.06.2017US
Title (EN) METHODS AND APPARATUS THAT INCREASE SEQUENCING-BY-BINDING EFFICIENCY
(FR) MÉTHODES ET APPAREIL QUI AUGMENTENT L'EFFICACITÉ DE SÉQUENÇAGE PAR LIAISON
Abstract:
(EN) A method of determining a nucleic acid sequence that includes steps of: (a) contacting a primed template nucleic acid with a series of mixtures for forming ternary complexes, wherein each of the mixtures includes a polymerase and nucleotide cognates for at least two different base types suspected of being present at the next template position of the template nucleic acid; (b) monitoring the next template position for ternary complexes formed by the series of mixtures, wherein a signal state indicates presence or absence of ternary complex formed at the next template position by each individual mixture, thereby determining a series of signal states that encodes a base call for the next template position; and (c) decoding the series of signal states to distinguish a correct base call for the next template position from an error in the b ase call.
(FR) L'invention concerne une méthode de détermination d'une séquence d'acide nucléique qui comprend les étapes consistant à : (a) mettre en contact un acide nucléique matrice amorcé avec une série de mélanges pour former des complexes ternaires, chacun des mélanges comprenant une polymérase et des nucléotides correspondants à au moins deux types de bases différents suspectés d'être présents à la position suivante de la matrice de l'acide nucléique matrice; (b) surveiller la position suivante de la matrice pour des complexes ternaires formés par la série de mélanges, un état de signal indiquant la présence ou l'absence d'un complexe ternaire formé au niveau de la position de matrice suivante par chaque mélange individuel, ce qui permet de déterminer une série d'états de signal qui code un appel de base pour la position de matrice suivante; et (c) décoder la série d'états de signal pour distinguer un appel de base correct pour la position de matrice suivante d'une erreur dans l'appel de base.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DJ, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JO, JP, KE, KG, KH, KN, KP, KR, KW, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW
African Regional Intellectual Property Organization (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Office (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
European Patent Office (EPO) (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG)
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)