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1. (WO2018157775) METHOD FOR MARKING 5-FORMYL CYTOSINE AND USE THEREOF IN SINGLE BASE RESOLUTION SEQUENCING
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Pub. No.: WO/2018/157775 International Application No.: PCT/CN2018/077261
Publication Date: 07.09.2018 International Filing Date: 26.02.2018
IPC:
C07H 21/02 (2006.01) ,C07H 21/04 (2006.01) ,C12Q 1/68 (2018.01)
C CHEMISTRY; METALLURGY
07
ORGANIC CHEMISTRY
H
SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
21
Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
02
with ribosyl as saccharide radical
C CHEMISTRY; METALLURGY
07
ORGANIC CHEMISTRY
H
SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
21
Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
04
with deoxyribosyl as saccharide radical
C CHEMISTRY; METALLURGY
12
BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
Q
MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES OR MICRO-ORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
1
Measuring or testing processes involving enzymes or micro-organisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
68
involving nucleic acids
Applicants:
北京大学 PEKING UNIVERSITY [CN/CN]; 中国北京市 海淀区颐和园路5号 No. 5 Yiheyuan Road, Haidian District Beijing 100871, CN
Inventors:
伊成器 YI, Chengqi; CN
朱晨旭 ZHU, Chenxu; CN
夏波 XIA, Bo; CN
Agent:
北京柏杉松知识产权代理事务所(普通合伙) PATENTSINO IP FIRM; 中国北京市 西城区北三环中路27号商房大厦413室 Suite 413, Shang Fang Building No. 27 North Third Ring Road Middle Xicheng District Beijing 100029, CN
Priority Data:
201710111600.928.02.2017CN
Title (EN) METHOD FOR MARKING 5-FORMYL CYTOSINE AND USE THEREOF IN SINGLE BASE RESOLUTION SEQUENCING
(FR) PROCÉDÉ DE MARQUAGE DE 5-FORMYL CYTOSINE ET SON UTILISATION DANS UN SÉQUENÇAGE À RÉSOLUTION DE BASE UNIQUE
(ZH) 5-醛基胞嘧啶的标记方法及其在单碱基分辨率测序中的应用
Abstract:
(EN) Disclosed are a method for marking 5-formyl cytosine and the use thereof in single base resolution sequencing. The method for marking the 5-formyl cytosine comprises the following steps of: (1) preparing a DNA or RNA sample; and (2) mixing the DNA or RNA sample with a buffer solution and a compound R1-CH2-CN to obtain a marking reaction system; and reacting the compound R1-CH2-CN therein with the 5-formyl cytosine in DNA or RNA molecules, and thereby achieving the marking of the 5-formyl cytosine; the reaction process is as in (I) below: wherein R1 is an electron withdrawing group next to the CH2 group, preferably -CN, (II) or (III), and more preferably -CN; R is a DNA or RNA molecule connected to the 5-formyl cytosine; and the pH value of the marking reaction system is 7.5-9. On the basis, also provided in the present invention is a sequencing analysis method for the 5-formyl cytosine. The method can be implemented at a single cell level, and can achieve the sequencing of single-base resolution levels.
(FR) L'invention concerne un procédé de marquage de 5-formyl cytosine et son utilisation dans un séquençage à résolution de base unique. Le procédé de marquage de la 5-formyl cytosine comprend les étapes suivantes consistant à : (1) préparer un échantillon d'ADN ou d'ARN ; et (2) mélanger l'échantillon d'ADN ou d'ARN avec une solution tampon et un composé R1-CH2-CN pour obtenir un système de réaction de marquage ; et faire réagir le composé R1-CH2-CN dans celui-ci avec la 5-formyl cytosine dans des molécules d'ADN ou d'ARN, ce qui permet d'obtenir le marquage de la 5-formyl cytosine ; le processus de réaction est tel que dans (I) ci-dessous : R1 étant un groupe attracteur d'électrons à côté du groupe CH2, de préférence -CN, (II) ou (III), et de préférence encore -CN ; R étant une molécule d'ADN ou d'ARN reliée à la 5-formyl cytosine ; et la valeur de pH du système de réaction de marquage étant de 7,5 à 9. La présente invention concerne également un procédé d'analyse de séquençage pour la 5-formyl cytosine. Le procédé de l'invention peut être mis en oeuvre à un niveau cellulaire unique, et peut réaliser le séquençage de niveaux de résolution à base unique.
(ZH) 一种5-醛基胞嘧啶的标记方法及其在单碱基分辨率测序中的应用,其中5-醛基胞嘧啶的标记方法包括以下步骤:(1)准备DNA或RNA样品;(2)将DNA或RNA样品与缓冲溶液、化合物R1-CH2-CN混合,得到标记反应体系;并使其中的化合物R1-CH2-CN与DNA或RNA分子中的5-醛基胞嘧啶反应,从而实现5-醛基胞嘧啶的标记;反应过程如下(I):其中,R1为紧邻着CH2基团的吸电子基团,优选为-CN、(II)或(III),更优选为-CN;R为与5-醛基胞嘧啶连接的DNA或RNA分子:所述标记反应体系的pH值为7.5-9。基于此,本发明还提供了5-醛基胞嘧啶测序分析方法,其可以在单细胞水平上进行,并实现单碱基分辨率水平的测序。
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Publication Language: Chinese (ZH)
Filing Language: Chinese (ZH)