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1. (WO2018138334) NOVEL SPIKE-IN OLIGONUCLEOTIDES FOR NORMALIZATION OF SEQUENCE DATA
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Pub. No.: WO/2018/138334 International Application No.: PCT/EP2018/052127
Publication Date: 02.08.2018 International Filing Date: 29.01.2018
IPC:
C12Q 1/6809 (2018.01) ,C12Q 1/6869 (2018.01)
[IPC code unknown for C12Q 1/6809][IPC code unknown for C12Q 1/6869]
Applicants:
GREGOR MENDEL INSTITUTE OF MOLECULAR PLANT BIOLOGY GMBH [AT/AT]; Dr. Bohr-Gasse 3 1030 Vienna, AT
Inventors:
NODINE, Michael Douglas; AT
Agent:
LOIDL, Manuela; AT
REDL, Gerda; AT
GASSNER, Birgitta; AT
Priority Data:
17153689.930.01.2017EP
Title (EN) NOVEL SPIKE-IN OLIGONUCLEOTIDES FOR NORMALIZATION OF SEQUENCE DATA
(FR) NOUVEAUX OLIGONUCLÉOTIDES DE TYPE "SPIKE-IN" DESTINÉS À LA NORMALISATION DE DONNÉES DE SÉQUENCE
Abstract:
(EN) The invention relates to novel spike-in oligonucleotides specifically for use in normalization of small RNA sequence data. The invention specifically provides sets each comprising at least two subsets of single stranded nucleic acid molecules, each nucleic acid molecule comprising a 5´phosphate, a sequence of at least 3 randomized nucleotides, a core sequence of at least 8 core nucleotides containing at least one mismatch compared to a target sequence, a sequence of at least 3 randomized nucleotides, and a 3´modification, wherein each subset comprises a plurality of nucleic acid molecules having an identical core nucleotide sequence and different randomized nucleotides, and wherein the nucleic acid molecules of each subset differ in at least one nucleotide of the core nucleotide sequence and the generation of a library containing the sets. The invention also relates to reference values in nucleotide sequencing and a method for determining the amount of target sequences in a sample.
(FR) L'invention concerne de nouveaux oligonucléotides de type "spike-in", plus précisément pour être utilisés dans la normalisation de petites données de séquence d'ARN. L'invention concerne plus précisément des ensembles comprenant chacun au moins deux sous-ensembles de molécules d'acide nucléique simple brin, chaque molécule d'acide nucléique comprenant un phosphate de 5´, une séquence d'au moins 3 nucléotides aléatoires, une séquence de noyau d'au moins 8 nucléotides de noyau contenant au moins un mésappariement par rapport à une séquence cible, une séquence d'au moins 3 nucléotides aléatoires, et une modification de 3´, chaque sous-ensemble comprenant une pluralité de molécules d'acide nucléique présentant une séquence de nucléotides de noyau identique et différents nucléotides aléatoires, et les molécules d'acide nucléique de chaque sous-ensemble différant en au moins un nucléotide de la séquence de nucléotides de noyau et la génération d'une bibliothèque contenant les ensembles. L'invention concerne également des valeurs de référence dans le séquençage de nucléotides et un procédé pour déterminer la quantité de séquences cibles dans un échantillon.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DJ, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JO, JP, KE, KG, KH, KN, KP, KR, KW, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW
African Regional Intellectual Property Organization (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Office (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
European Patent Office (EPO) (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG)
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)