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1. (WO2018129314) PHASING CORRECTION
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Pub. No.: WO/2018/129314 International Application No.: PCT/US2018/012580
Publication Date: 12.07.2018 International Filing Date: 05.01.2018
IPC:
G06F 19/20 (2011.01) ,C12Q 1/6869 (2018.01)
G PHYSICS
06
COMPUTING; CALCULATING; COUNTING
F
ELECTRIC DIGITAL DATA PROCESSING
19
Digital computing or data processing equipment or methods, specially adapted for specific applications
10
Bioinformatics, i.e. methods or systems for genetic or protein-related data processing in computational molecular biology
20
for hybridisation or gene expression, e.g. microarrays, sequencing by hybridisation, normalisation, profiling, noise correction models, expression ratio estimation, probe design or probe optimisation
[IPC code unknown for C12Q 1/6869]
Applicants:
ILLUMINA, INC. [US/US]; 5200 Illumina Way San Diego, California 92122, US
Inventors:
LANGLOIS, Robert; US
BELITZ, Paul; US
Agent:
WEAVER, Jeffrey K.; US
AUSTIN, James E.; US
VILLENEUVE, Joseph M.; US
SAMPSON, Roger S.; US
BERGIN, Denise S.; US
GRIFFITH, John F.; US
SCHOLZ, Christian D.; US
Priority Data:
62/443,29406.01.2017US
Title (EN) PHASING CORRECTION
(FR) CORRECTION DE PHASE
Abstract:
(EN) Memory efficient methods determine corrected color values from image data acquired by a nucleic acid sequencer during a base calling cycle. Such methods may: (a) obtain an image of a substrate (e.g., a portion of a flow cell) including a plurality of sites where nucleic acid bases are read; (b) measure color values of the plurality of sites from the image of the substrate; (c) store the color values in a processor buffer of the sequencer's one or more processors; (d) retrieve partially phase-corrected color values of the plurality of sites, where the partially phase-corrected color values were stored in the sequencer's memory during an immediately preceding base calling cycle; (e) determine a prephasing correction; and (f) determine the corrected color values. In various implementations, these operations are all performed during a single base calling cycle. In certain embodiments, the methods additionally include using the corrected color values to make base calls for the plurality of sites. Sequencers may be designed or configured to implement such methods.
(FR) Des procédés efficaces en termes de mémoire déterminent des valeurs chromatiques corrigées à partir de données d’image acquises par un séquenceur d’acide nucléique durant un cycle d’appel de base. De tels procédés peuvent : (a) obtenir une image d’un substrat (par exemple une partie d’une cellule de flux) incluant une pluralité de sites où des bases d’acide nucléique sont lues ; (b) mesurer des valeurs chromatiques de la pluralité des sites à partir de l’image du substrat ; (c) stocker les valeurs chromatiques dans une mémoire tampon de processeur dans un ou plusieurs processeurs du séquenceur ; (d) récupérer des valeurs chromatiques à phase partiellement corrigée de la pluralité des sites, les valeurs chromatiques à phase partiellement corrigée ayant été stockées dans la mémoire du séquenceur durant un cycle d’appel de base immédiatement précédent ; (e) déterminer une correction de préphase ; et (f) déterminer les valeurs chromatiques corrigées. Dans divers modes de réalisation, ces opérations sont toutes réalisées durant un seul cycle d’appel de base. Dans certains modes de réalisation, les procédés comprennent en outre l’utilisation des valeurs chromatiques corrigées pour réaliser des appels de base pour la pluralité des sites. Des séquenceurs peuvent être conçus ou configurés pour mettre en œuvre de tels procédés.
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Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)