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1. (WO2018122338) COMPUTATIONAL SELECTION OF PROTEASES AND PREDICTION OF CLEAVAGE PRODUCTS
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Pub. No.: WO/2018/122338 International Application No.: PCT/EP2017/084752
Publication Date: 05.07.2018 International Filing Date: 28.12.2017
IPC:
G06F 19/18 (2011.01)
[IPC code unknown for G06F 19/18]
Applicants:
DUBLIN INSTITUTE OF TECHNOLOGY [IE/IE]; DIT Hothouse Aungier Street Dublin, 2, IE
Inventors:
KNOX, Andrew; IE
Agent:
APPLEYARD LEES IP LLP; 15 Clare Road Halifax Yorkshire HX1 2HY, GB
Priority Data:
1622422.230.12.2016GB
Title (EN) COMPUTATIONAL SELECTION OF PROTEASES AND PREDICTION OF CLEAVAGE PRODUCTS
(FR) SÉLECTION INFORMATIQUE DE PROTÉASES ET PRÉDICTION DE PRODUITS DE CLIVAGE
Abstract:
(EN) The invention relates to a method and apparatus for identifying, screening and/or developing enzymes which will produce pre-determined peptides from enzymatic cleavage by predicting which peptides will arise from enzymatic cleavage, e.g. during digestion. The method comprises: selecting an initial peptidase; identifying a binding site on the initial peptidase; composing a plurality of peptides each of which interact with the identified binding site; marking a cleavage site on each of the plurality of peptides; and determining whether at least one composed peptide from the plurality of peptides matches at least one sequence within the selected protein source. If there is at least one matching sequence, the method further comprises calculating the surface accessibility for each amino acid in the at least one matching sequence within the selected protein source; and using the calculated surface accessibility to determine whether the at least one matching sequence within the selected protein source is surface accessible. If it is surface accessible, the method further comprises cleaving the at least one matching sequence at a cleavage site on the matching sequence which aligns with the cleavage site on its matching composed peptide to form two resulting sequences; and recalculating the surface accessibility for each amino acid in at least one of the two resulting sequences.
(FR) L'invention se rapporte à un procédé et à un appareil permettant d'identifier, de cribler et/ou de développer des enzymes qui produiront des peptides prédéterminés à partir d'un clivage enzymatique par prédiction de quels peptides proviendront d'un clivage enzymatique, par exemple pendant la digestion. Le procédé consiste : à sélectionner une peptidase initiale ; à identifier un site de liaison sur la peptidase initiale ; à composer une pluralité de peptides dont chacun interagit avec le site de liaison identifié ; à marquer un site de clivage sur chaque peptide de la pluralité de peptides ; et à déterminer si au moins un peptide composé parmi la pluralité de peptides correspond ou non à au moins une séquence dans la source protéique sélectionnée. S'il y a au moins une séquence de mise en correspondance, le procédé consiste en outre à calculer de l'accessibilité de surface pour chaque acide aminé dans la ou les séquences de mise en correspondance dans la source protéique sélectionnée ; et à utiliser l'accessibilité de surface calculée pour déterminer si la ou les séquences de mise en correspondance dans la source protéique sélectionnée sont ou non accessibles en surface. Si elle ou elles sont accessibles en surface, le procédé consiste en outre à cliver la ou les séquences d'appariement au niveau d'un site de clivage sur la séquence de mise en correspondance qui s'aligne sur le site de clivage sur son peptide composé correspondant pour former deux séquences résultantes ; et à recalculer l'accessibilité de surface pour chaque acide aminé dans au moins l'une des deux séquences résultantes.
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Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)