WIPO logo
Mobile | Deutsch | Español | Français | 日本語 | 한국어 | Português | Русский | 中文 | العربية |
PATENTSCOPE

Search International and National Patent Collections
World Intellectual Property Organization
Search
 
Browse
 
Translate
 
Options
 
News
 
Login
 
Help
 
Machine translation
1. (WO2018107093) GENOME-WIDE MAPPING OF DNA-DNA PROXIMITIES IN THE NUCLEUS
Latest bibliographic data on file with the International Bureau    Submit observation

Pub. No.:    WO/2018/107093    International Application No.:    PCT/US2017/065418
Publication Date: 14.06.2018 International Filing Date: 08.12.2017
IPC:
C12Q 1/68 (2018.01), C07K 14/47 (2006.01), C40B 50/14 (2006.01)
Applicants: UNIVERSITY OF SOUTHERN CALIFORNIA [US/US]; 1150 South Olive Street, Suite 2300 Los Angeles, CA 90015 (US)
Inventors: CHEN, Lin; (US)
Agent: MCCLURE, Lawrence, J.; (US).
SHUMAN, Barry, M.; (US)
Priority Data:
62/432,523 09.12.2016 US
Title (EN) GENOME-WIDE MAPPING OF DNA-DNA PROXIMITIES IN THE NUCLEUS
(FR) CARTOGRAPHIE À L'ÉCHELLE DU GÉNOME DE PROXIMITÉS ADN-ADN DANS LE NOYAU
Abstract: front page image
(EN)Disclosed are methods and systems for determining the three-dimensional structure of chromatin in eukaryotic cells. More specifically, disclosed are methods and systems for obtaining chromatin structural information by surface immobilization that includes tethering crosslinked protein:DNA complexes and/or ligated DNA complexes to media such as beads, gels, and or matrices during the conformation capture assay. In general, the method includes flash freezing a cell such that the structural organization of the chromatin or other protein:DNA complexes is preserved, cryomilling the cell, producing cross-linked protein:DNA complexes by cutting the chromatin using a chemical, physical or enzymatic method, substantially immobilizing the cross-linked protein:DNA complexes, ligating the cross-linked protein:DNA complexes intramolecularly such that the ligated protein:DNA complexes represent structural organization of the chromatin; characterizing the ligated DNA by sequencing or other methods; and identifying any structural organization of the chromatin. The structural organization preferably includes information relating to interacting loci of the chromatin.
(FR)L'invention concerne des méthodes et des systèmes de détermination de la structure tridimensionnelle de la chromatine dans des cellules eucaryotes. Plus spécifiquement, l'invention concerne des méthodes et des systèmes d'obtention d'informations structurales de la chromatine par immobilisation de surface comprenant la liaison de complexes d'ADN:protéines réticulés et/ou des complexes d'ADN ligaturés à des milieux tels que des billes, des gels et/ou des matrices au cours du dosage de capture de conformation. Généralement, le procédé comprend la congélation instantanée d'une cellule de sorte que l'organisation structurale de la chromatine ou d'autres complexes d'ADN:protéines est préservée, le cryobroyage de la cellule, produisant des complexes d'ADN:protéines réticulés par coupure de la chromatine à l'aide d'un procédé chimique, physique ou enzymatique, l'immobilisation substantielle des complexes d'ADN:protéines réticulés, la ligature des complexes d'ADN:protéines réticulés de manière intramoléculaire de telle sorte que les complexes d'ADN:protéines ligaturés représentent une organisation structurale de la chromatine ; la caractérisation de l'ADN ligaturé par séquençage ou d'autres méthodes ; et l'identification d'une quelconque organisation structurale de la chromatine. L'organisation structurale comprend, de préférence, des informations se rapportant à des loci interagissants de la chromatine.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DJ, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JO, JP, KE, KG, KH, KN, KP, KR, KW, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)