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1. (WO2018099418) ANALYSIS OF CELL-FREE DNA IN URINE AND OTHER SAMPLES
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Pub. No.: WO/2018/099418 International Application No.: PCT/CN2017/113813
Publication Date: 07.06.2018 International Filing Date: 30.11.2017
IPC:
C12Q 1/68 (2018.01)
Applicants: THE CHINESE UNIVERSITY OF HONG KONG[CN/CN]; Office of Research and Knowledge Transfer Services Room 301, Pi Ch'iu Building, Shatin, New Territories Hong Kong 999077, CN
Inventors: LO, Yuk-Ming Dennis; CN
CHIU, Rossa Wai Kwun; CN
CHAN, Kwan Chee; CN
JIANG, Peiyong; CN
CHENG, Hua Tse Timothy; CN
Agent: INSIGHT INTELLECTUAL PROPERTY LIMITED; 19 A, Tower A, InDo Building No. 48A Zhichun Road, Haidian District Beijing 100098, CN
Priority Data:
62/427,99930.11.2016US
Title (EN) ANALYSIS OF CELL-FREE DNA IN URINE AND OTHER SAMPLES
(FR) ANALYSE D'ADN ACELLULAIRE DANS L'URINE ET D'AUTRES ÉCHANTILLONS
Abstract:
(EN) Diseases (e.g., cancer) of a particular organ can be detected by analyzing cell-free DNA. Some embodiments may use an organ-associated sample that is from a particular organ or passes through the particular organ, as may occur, for example, in urine, saliva, blood, and stool samples. In some embodiments, methylation levels of cell-free DNA can be measured in a sample. Tissue-specific methylation patterns can be used to determine fractional contributions from different tissue types. In other embodiments, sizes of organ-associated cell-free DNA can be measured. A statistical measure of the size profile may indicate that cell-free DNA fragments are collectively longer than expected for subjects with healthy tissue compared to non-healthy tissue. In other embodiments, two different samples can be analyzed to determine whether a particular organ has cancer. Cell-free DNA in a blood sample and organ-associated sample can both be analyzed to identify chromosomal regions exhibiting a copy number aberration.
(FR) Selon l'invention, des maladies (par exemple, le cancer) d'un organe particulier peuvent être détectées par analyse d'ADN acellulaire. Certains modes de réalisation peuvent utiliser un échantillon associé à un organe qui provient d'un organe particulier ou passe à travers l'organe particulier, comme cela peut se produire, par exemple, dans des échantillons d'urine, de salive, de sang et de selles. Selon certains modes de réalisation, les niveaux de méthylation d'ADN acellulaire peuvent être mesurés dans un échantillon. Des motifs de méthylation spécifiques de tissu peuvent être utilisés pour déterminer des contributions fractionnelles à partir de différents types de tissu. Selon d'autres modes de réalisation, les tailles d'ADN acellulaire associé à un organe peuvent être mesurées. Une mesure statistique du profil de taille permet d'indiquer que les fragments d'ADN acellulaires sont collectivement plus longs qu'attendus pour les sujets ayant un tissu sain par comparaison avec un tissu non sain. Selon d'autres modes de réalisation, deux échantillons différents peuvent être analysés pour déterminer si un organe particulier présente un cancer. De l'ADN acellulaire dans un échantillon de sang et un échantillon associé à un organe peuvent tous les deux être analysés pour identifier des régions chromosomiques présentant une aberration du nombre de copies.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DJ, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JO, JP, KE, KG, KH, KN, KP, KR, KW, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW
African Regional Intellectual Property Organization (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Office (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
European Patent Office (EPO) (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG)
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)