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1. (WO2018089378) METHODS FOR EXPRESSION PROFILE CLASSIFICATION
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Pub. No.: WO/2018/089378 International Application No.: PCT/US2017/060451
Publication Date: 17.05.2018 International Filing Date: 07.11.2017
IPC:
G06F 19/10 (2011.01) ,G06F 19/20 (2011.01) ,G06F 19/24 (2011.01)
Applicants: CELLULAR RESEARCH, INC.[US/US]; 4040 Campbell Avenue, Suite 110 Menlo Park, CA 94025, US
Inventors: FAN, Jue; US
ZHANG, Jesse; US
HU, Jing; US
Agent: MALLON, Joseph, J.; US
Priority Data:
62/419,29108.11.2016US
62/446,22713.01.2017US
Title (EN) METHODS FOR EXPRESSION PROFILE CLASSIFICATION
(FR) PROCÉDÉS DESTINÉS À LA CLASSIFICATION DE PROFIL D'EXPRESSION
Abstract: front page image
(EN) Disclosed herein are methods and systems for identifying targets for distinguishing cell types. In some embodiments, the method comprises: hierarchically clustering expression profiles of cells to generate a dendrogram with each leaf representing the expression profile of a different individual cell. The dendrogram can be pruned by eliminating invalid splits (and their children). The remaining leaves in the dendrogram can be merged, independent of their locations in the dendrogram, based on their distances to one another to generate clusters of expression profiles. The method can identify targets for distinguishing cell types based on targets that are expressed differentially in the clusters.
(FR) La présente invention concerne des systèmes et des procédés destinés à identifier des cibles destinées à distinguer des types de cellules. Dans certains modes de réalisation, le procédé consiste : à regrouper hiérarchiquement des profils d'expression de cellules afin de générer un dendrogramme, chaque feuille représentant le profil d'expression d'une cellule individuelle différente. Le dendrogramme peut être élagué en éliminant les divisions invalides (et leurs enfants). Les feuilles restantes dans le dendrogramme peuvent être fusionnées, indépendamment de leurs emplacements dans le dendrogramme, sur la base de leurs distances les unes par rapport aux autres afin de générer des groupes de profils d'expression. Le procédé peut identifier des cibles destinées à distinguer des types de cellules sur la base de cibles qui sont exprimées de manière différentielle dans les groupes.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DJ, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JO, JP, KE, KG, KH, KN, KP, KR, KW, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW
African Regional Intellectual Property Organization (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Office (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
European Patent Office (EPO) (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG)
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)