WIPO logo
Mobile | Deutsch | Español | Français | 日本語 | 한국어 | Português | Русский | 中文 | العربية |
PATENTSCOPE

Search International and National Patent Collections
World Intellectual Property Organization
Search
 
Browse
 
Translate
 
Options
 
News
 
Login
 
Help
 
Machine translation
1. (WO2018089223) REDUCED MEMORY NUCLEOTIDE SEQUENCE COMPARISON
Latest bibliographic data on file with the International Bureau    Submit observation

Pub. No.: WO/2018/089223 International Application No.: PCT/US2017/059141
Publication Date: 17.05.2018 International Filing Date: 31.10.2017
IPC:
G06F 19/22 (2011.01)
Applicants: MICROSOFT TECHNOLOGY LICENSING, LLC[US/US]; One Microsoft Way Redmond, Washington 98052-6399, US
Inventors: LO, Daniel; US
CHUNG, Eric; US
OVTCHAROV, Kalin; US
PANDYA, Ravindra; US
HECKERMAN, David; US
SNYTSAR, Roman; US
Agent: MINHAS, Sandip S.; US
CHEN, Wei-Chen Nicholas; US
DRAKOS, Katherine J.; US
HINOJOSA, Brianna L.; US
HOLMES, Danielle J.; US
SWAIN, Cassandra T.; US
WONG, Thomas S.; US
CHOI, Daniel; US
HWANG, William C.; US
WIGHT, Stephen A.; US
CHATTERJEE, Aaron C.; US
Priority Data:
15/351,37214.11.2016US
Title (EN) REDUCED MEMORY NUCLEOTIDE SEQUENCE COMPARISON
(FR) COMPARAISON DE SÉQUENCES NUCLÉOTIDIQUES À MÉMOIRE RÉDUITE
Abstract: front page image
(EN) Comparisons between two nucleotide sequences can be performed by customized integrated circuity that can implement a Smith Waterman analysis in a reduced memory footprint, storing and referencing only individual portions, or subsections, of a two-dimensional matrix that is representative of the comparison between the two nucleotide sequences. As the backtracking proceeds, backtracking metadata corresponding to a cell from a subsection that is not currently retained in memory can be required. Such a subsection can be regenerated from previously generated scores associated with checkpoint cells of the two-dimensional matrix that comprise two edges of the subsection being regenerated. Moreover, to further reduce memory consumption, the backtracking metadata stored for each cell can comprise four binary digits: two indicative of a directional assignment, one indicative of whether the corresponding cell is part of a deletion stretching across multiple contiguous cells, and one analogously indicative of insertions stretching across multiple contiguous cells.
(FR) L'invention concerne des comparaisons entre deux séquences nucléotidiques qui peuvent être réalisées par un circuit intégré personnalisé qui peut mettre en œuvre une analyse de Smith dans une empreinte de mémoire réduite, stocker et référencer uniquement des parties individuelles, ou sous-sections, d'une matrice bidimensionnelle qui représente la comparaison entre les deux séquences nucléotidiques. Au fur et à mesure du suivi arrière, des métadonnées de suivi arrière correspondant à une cellule provenant d'une sous-section qui n'est pas actuellement conservée dans la mémoire peuvent être requises. Une telle sous-section peut être régénérée à partir de scores générés précédemment associés à des cellules de points de contrôle de la matrice bidimensionnelle qui comprennent deux bords de la sous-section en cours de régénération. De plus, pour réduire davantage la consommation de mémoire, les métadonnées de retour arrière stockées pour chaque cellule peuvent comprendre quatre chiffres binaires : deux indiquant une attribution directionnelle, l'une indiquant si la cellule correspondante fait partie d'un étirement de suppression à travers de multiples cellules contiguës, et une indiquant de manière analogue des insertions s'étendant à travers de multiples cellules contiguës.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DJ, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JO, JP, KE, KG, KH, KN, KP, KR, KW, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW
African Regional Intellectual Property Organization (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Office (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
European Patent Office (EPO) (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG)
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)