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1. (WO2018086045) METHOD FOR PERFORMING QUANTITATIVE ANALYSIS ON SUBGROUP IN SPECIFIC GROUP
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Pub. No.: WO/2018/086045 International Application No.: PCT/CN2016/105372
Publication Date: 17.05.2018 International Filing Date: 10.11.2016
IPC:
G06F 19/20 (2011.01) ,G06F 19/22 (2011.01)
G PHYSICS
06
COMPUTING; CALCULATING; COUNTING
F
ELECTRIC DIGITAL DATA PROCESSING
19
Digital computing or data processing equipment or methods, specially adapted for specific applications
10
Bioinformatics, i.e. methods or systems for genetic or protein-related data processing in computational molecular biology
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for hybridisation or gene expression, e.g. microarrays, sequencing by hybridisation, normalisation, profiling, noise correction models, expression ratio estimation, probe design or probe optimisation
G PHYSICS
06
COMPUTING; CALCULATING; COUNTING
F
ELECTRIC DIGITAL DATA PROCESSING
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Digital computing or data processing equipment or methods, specially adapted for specific applications
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Bioinformatics, i.e. methods or systems for genetic or protein-related data processing in computational molecular biology
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for sequence comparison involving nucleotides or amino acids, e.g. homology search, motif or SNP [Single-Nucleotide Polymorphism] discovery or sequence alignment
Applicants:
深圳华大基因研究院 BGI SHENZHEN [CN/CN]; 中国广东省深圳市 盐田区北山工业区综合楼 Main Building, Beishan Industrial Zone, Yantian District Shenzhen, Guangdong 518083, CN
Inventors:
彭也 PENG, Ye; CN
李俊桦 LI, Junhua; CN
唐珊媚 TANG, Shanmei; CN
张慧 ZHANG, Hui; CN
Agent:
上海一平知识产权代理有限公司 XU & PARTNERS, LLC.; 中国上海市 普陀区真北路958号天地科技广场1号楼106室 Room No.106, Building No.1, Universal High-Tech Plaza 958 Zhen Bei Road, Putuo District Shanghai 200333, CN
Priority Data:
Title (EN) METHOD FOR PERFORMING QUANTITATIVE ANALYSIS ON SUBGROUP IN SPECIFIC GROUP
(FR) PROCÉDÉ POUR EFFECTUER UNE ANALYSE QUANTITATIVE SUR UN SOUS-GROUPE DANS UN GROUPE SPÉCIFIQUE
(ZH) 一种对特定群中的亚群进行定量分析的方法
Abstract:
(EN) A method for performing quantitative analysis on a subgroup in a specific group. Specifically, the method comprises: (1) providing reference genome sequence data (a), a reference SNP matrix (b) and metagenome sequencing data of a specific group; (2) comparing the metagenome sequencing data with the reference genome sequence data of the specific group, so as to obtain the comparison result; (3) constructing a frequency matrix according to site information of the reference SNP matrix;(4) performing binarization processing on the reference SNP matrix according to the frequency matrix, so as to obtain a binarized SNP matrix; and (5) obtaining a relative abundance of each subgroup in the specific group by means of a restricted linear model and according to the frequency matrix, the binarized SNP matrix, a theoretical base frequency vector (x) and an observation base frequency vector (y), so as to obtain the quantitative analysis result of the subgroup in the specific group.
(FR) L'invention concerne un procédé pour effectuer une analyse quantitative sur un sous-groupe dans un groupe spécifique. Plus particulièrement, le procédé comprend les étapes suivantes : (1) fournir des données de séquence de génome de référence (a), une matrice de SNP de référence (b) et des données de séquençage de métagénome d'un groupe spécifique; (2) comparer les données de séquençage de métagénome avec les données de séquence de génome de référence du groupe spécifique, de façon à obtenir le résultat de comparaison; (3) construire une matrice de fréquence selon des informations de site de la matrice de SNP de référence; (4) effectuer un traitement de binarisation sur la matrice de SNP de référence en fonction de la matrice de fréquence, de manière à obtenir une matrice de SNP binarisée; et (5) obtenir une abondance relative de chaque sous-groupe dans le groupe spécifique au moyen d'un modèle linéaire limité et selon la matrice de fréquences, la matrice de SNP binarisée, un vecteur de fréquence de base théorique (x) et un vecteur de fréquence de base d'observation (y), de manière à obtenir le résultat d'analyse quantitative du sous-groupe dans le groupe spécifique.
(ZH) 一种对特定群中的亚群进行定量分析的方法。具体地,包括以下步骤:(1)提供对应于所述特定群的(a)参考基因组序列数据、(b)参考SNP矩阵和(c)宏基因组测序数据;(2)将所述宏基因组测序数据比对到对应于所述特定群的参考基因组数据上,以便获得比对结果;(3)根据所述参考SNP矩阵的位点信息,构建频率矩阵;(4)根据频率矩阵对参考SNP矩阵做二值化处理,得到二值化SNP矩阵;和(5)基于所述的频率矩阵、所述的二值化SNP矩阵、理论碱基频率向量f(x)和观测碱基频率向量y,通过有约束的线性模型,得出所述特定群中各亚群的相对丰度,从而获得对所述特定群中的亚群的定量分析结果。
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Publication Language: Chinese (ZH)
Filing Language: Chinese (ZH)