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1. (WO2018083128) MICROBIAL GENOME EDITING
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Pub. No.: WO/2018/083128 International Application No.: PCT/EP2017/077975
Publication Date: 11.05.2018 International Filing Date: 01.11.2017
IPC:
C12N 9/22 (2006.01) ,C12N 15/10 (2006.01) ,C12N 15/63 (2006.01) ,C12N 15/90 (2006.01) ,C12N 15/11 (2006.01)
Applicants: WAGENINGEN UNIVERSITEIT[NL/NL]; Droevendaalsesteeg 4 6708 PB Wageningen, NL
STICHTING VOOR DE TECHNISCHE WETENSCHAPPEN[NL/NL]; Van Vollenhovenlaan 661 3527 JP Utrecht, NL
Inventors: VAN DER OOST, John; NL
VAN KRANENBURG, Richard; NL
BOSMA, Elleke Fenna; DK
MOUGIAKOS, Ioannis; NL
Agent: HGF LIMITED; Document Handling (London) 1 City Walk Leeds Yorkshire LS11 9DX, GB
Priority Data:
1618507.602.11.2016GB
Title (EN) MICROBIAL GENOME EDITING
(FR) ÉDITION DE GÉNOME MICROBIEN
Abstract: front page image
(EN) In an absence of efficient non-homologous end joining (NHEJ) repair mechanisms in the majority of microbes, double stranded DNA break (DSDB) typically leads to cell death. In methods of microbial gene editing using plasmid transformation, both homologous recombination and Cas9 site-specific gene editing events can be used together. Single or multiple plasmid approaches are used. In a method of counter-selection of microbes for a desired genetic change, a two-phase approach is used whereby a switch is made from a higher growth temperature phase favouring homologous recombination (HR) - as opposed to a Cas9 site-directed nuclease activity- to a lower growth temperature phase at which the Cas9 site directed nuclease activity takes place. This has the effect whereby the Cas9 site-directed nuclease activity has counter selecting activity, removing microbes which do not have a desired modification introduced beforehand by HR. The population of microbes surviving after the temperature switch counter selection is thereby enhanced for the desired modification.
(FR) En l'absence de mécanismes de réparation de jonction d'extrémité non homologue efficace (NHEJ) dans la majorité des microbes, la rupture d'ADN double brin (DSDB) conduit généralement à la mort cellulaire. Dans des procédés d'édition de gène microbien au moyen d'une transformation de plasmide, à la fois une recombinaison homologue et des événements d'édition de gène spécifiques du site Cas9 peuvent être utilisés ensemble. Des approches plasmidiques simples ou multiples sont utilisées. Dans un procédé de contre-sélection de microbes pour un changement génétique souhaité, une approche à deux phases est utilisée, un commutateur étant réalisé à partir d'une phase de température de croissance plus élevée favorisant la recombinaison homologue (HR) par opposition à une phase de nucléase dirigée contre le site Cas9 à une phase de température de croissance inférieure à laquelle se produit l'activité nucléase dirigée par le site Cas9. Cela permet à l'activité nucléase dirigée contre le site Cas9 de présenter une activité de contre-sélection, éliminant des microbes qui n'ont pas une modification souhaitée introduite au préalable par HR. La population de microbes survivant après la contre-sélection de commutateur de température est ainsi améliorée pour la modification souhaitée.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DJ, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JO, JP, KE, KG, KH, KN, KP, KR, KW, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW
African Regional Intellectual Property Organization (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Office (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
European Patent Office (EPO) (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG)
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)