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1. (WO2018065300) SYSTEM AND METHOD FOR IDENTIFICATION OF A SYNTHETIC CLASSIFIER
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Pub. No.: WO/2018/065300 International Application No.: PCT/EP2017/074683
Publication Date: 12.04.2018 International Filing Date: 28.09.2017
IPC:
G01N 33/564 (2006.01) ,G01N 33/68 (2006.01)
Applicants: F. HOFFMANN-LA ROCHE AG[CH/CH]; Grenzacherstrasse 124 4070 Basel, CH (AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BE, BF, BG, BH, BJ, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CF, CG, CH, CI, CL, CM, CN, CO, CR, CU, CY, CZ, DJ, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, FR, GA, GB, GD, GE, GH, GM, GN, GQ, GR, GT, GW, HN, HR, HU, ID, IE, IL, IN, IR, IS, IT, JO, JP, KE, KG, KH, KM, KN, KP, KR, KW, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, LY, MA, MC, MD, ME, MG, MK, ML, MN, MR, MT, MW, MX, MY, MZ, NA, NE, NG, NI, NL, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SI, SK, SL, SM, SN, ST, SV, SY, SZ, TD, TG, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW)
ROCHE DIAGNOSTICS GMBH[DE/DE]; Sandhofer Straße 116 68305 Mannheim, DE (DE)
ROCHE SEQUENCING SOLUTIONS, INC.[US/US]; 4300 Hacienda Drive Pleasonton, California 94588, US (US)
Inventors: LO, Ken; US
PATEL, Jigar; US
LI, Hanying; US
Agent: HILDEBRANDT, Martin; DE
GOEHRING, Frank; DE
BURGER, Alexander; DE
JENNI, Wolfgang; DE
MISERA, Simon; DE
NASER, Werner; DE
SKOLAUT, Alexander; DE
EISENMANN, Ulrike; DE
MERTES, Maria; DE
HEINEMEYER, Thomas; DE
Priority Data:
62/404,08404.10.2016US
Title (EN) SYSTEM AND METHOD FOR IDENTIFICATION OF A SYNTHETIC CLASSIFIER
(FR) SYSTÈME ET PROCÉDÉ D'IDENTIFICATION D'UN CLASSIFICATEUR SYNTHÉTIQUE
Abstract:
(EN) The present invention provides a method for identifying a synthetic classifier including contacting at least a first and second samples derived from different groups of a cohort with a first plurality of peptides. The first plurality of peptides includes a first subset of peptides defining at least one naturally occurring amino acid sequence, and a second subset of peptides defining a plurality of variants of the first subset of peptides. The plurality of variants includes, for each one of the first subset of peptides, a variant peptide having at least one of a substitution, a deletion, an insertion, an extension, and a modification. The method further includes selecting at least one of the plurality of variants from the second subset of peptides, and defining a synthetic classifier including the at least one of the plurality of variants that distinguishes between samples derived from the first and second cohorts.
(FR) La présente invention concerne un procédé permettant d'identifie un classificateur synthétique, ledit procédé consistant à mettre en contact au moins un premier et un second échantillon dérivés de différents groupes d'une cohorte avec une première pluralité de peptides. La première pluralité de peptides comprend un premier sous-ensemble de peptides définissant au moins une séquence d'acides aminés d'origine naturelle et un second sous-ensemble de peptides définissant une pluralité de variants du premier sous-ensemble de peptides. La pluralité de variants comprend, pour chaque peptide du premier sous-ensemble de peptides, un peptide variant ayant une substitution et/ou une délétion et/ou une insertion et/ou une extension et/ou une modification. Le procédé comprend en outre à sélectionner au moins un variant de la pluralité de variants à partir du second sous-ensemble de peptides et à définir un classificateur synthétique comprenant le ou les variants de la pluralité de variants qui fait une différence entre des échantillons dérivés des première et seconde cohortes.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DJ, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JO, JP, KE, KG, KH, KN, KP, KR, KW, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW
African Regional Intellectual Property Organization (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Office (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
European Patent Office (EPO) (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG)
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)