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1. (WO2018060523) COMPUTER DEVICE FOR DETECTING AN OPTIMAL CANDIDATE COMPOUND AND METHODS THEREOF
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Pub. No.:    WO/2018/060523    International Application No.:    PCT/EP2017/075003
Publication Date: 05.04.2018 International Filing Date: 02.10.2017
IPC:
G06F 19/00 (2018.01)
Applicants: GE HEALTHCARE BIO-SCIENCES CORP [US/US]; 100 Results Way Marlborough, Massachusetts 01752 (US).
GE HEALTHCARE UK LIMITED [GB/GB]; Amersham Place Little Chalfont Buckinghamshire HP7 9NA (GB) (MG only)
Inventors: FUENTES, Emmanuel, Israel; (US).
AVINASH, Gopal, Biligeri; (US).
GRAVES, Robert, John; (US).
THATTE, Abhijit, Vijay; (US).
KODESH, Afek; (US).
JEFFEREY, Caron; (US).
DAS, Sharmistha; (US)
Agent: CAVILL, Ross, David; (GB).
BANNAN, Sally; (GB).
BRYAN, Ian, Bennett; (GB).
O'BRIEN, Dominic, Paul; (GB)
Priority Data:
62/402,272 30.09.2016 US
Title (EN) COMPUTER DEVICE FOR DETECTING AN OPTIMAL CANDIDATE COMPOUND AND METHODS THEREOF
(FR) DISPOSITIF INFORMATIQUE PERMETTANT DE DÉTECTER UN COMPOSÉ CANDIDAT OPTIMAL ET PROCÉDÉS ASSOCIÉS
Abstract: front page image
(EN)The invention relates to a method for a computer device, for detecting an optimal candidate compound based on a plurality of samples comprising a cell line and one or more biomarkers, and a plate map configuration, wherein the plate map configuration is providing locations of samples comprising cell lines exposed to one or more biomarkers and different concentrations of a candidate compound forming at least one concentration gradient, the candidate compound being comprised in a plurality of candidate compounds, said method comprising generating (310) phenotypic profiles of each concentration gradient of each of the plurality of candidate compounds at a plurality of successive points in time to form a plurality of compound profiles, wherein generating phenotypic profiles comprises the steps obtaining (312) image data depicting each sample comprised in the concentration gradient, generating (314) a class-labeland a class for each cell of the samples based on the image data,detecting (320) the optimal candidate compound by evaluating a comparison criterion on the plurality of compound profiles. Furthermore,the invention also relates to corresponding computer device, a computer program, and a computer program product.
(FR)L'invention concerne un procédé pour dispositif informatique, permettant de détecter un composé candidat optimal sur la base d'une pluralité d'échantillons comprenant une lignée cellulaire et un ou plusieurs biomarqueurs, et d'une carte de plaques, la carte de plaques étant destinée à fournir les emplacements des échantillons comprenant des lignées cellulaires exposées à un ou plusieurs biomarqueurs et différentes concentrations de composé candidat formant au moins un gradient de concentration, où le composé candidat est compris dans une pluralité de composés candidats, et ledit procédé comprend la génération (310) des profils phénotypiques de chaque gradient de concentration de chacun de la pluralité de composés candidats en une pluralité de points successifs dans le temps pour former une pluralité de profils de composés, la génération des profils phénotypiques comprenant les étapes d'obtention (312) de données d'image représentant chaque échantillon compris dans le gradient de concentration, de génération (314) d'une étiquette de classe et d'une classe pour chaque cellule des échantillons sur la base des données d'image, et la détection (320) du composé candidat optimal par évaluation d'un critère de comparaison sur la pluralité de profils de composés. Un dispositif informatique correspondant, un programme informatique et un produit de programme informatique sont en outre décrits.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DJ, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JO, JP, KE, KG, KH, KN, KP, KR, KW, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)