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1. (WO2018058023) METHODS FOR IDENTIFYING PROTEINS THAT BIND LIGANDS
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Pub. No.:    WO/2018/058023    International Application No.:    PCT/US2017/053207
Publication Date: 29.03.2018 International Filing Date: 25.09.2017
IPC:
G01N 33/68 (2006.01), G01N 33/94 (2006.01), G01N 33/53 (2006.01)
Applicants: UNIVERSITY OF PITTSBURGH - OF THE COMMONWEALTH SYSTEM OF HIGHER EDUCATION [US/US]; 200 Gardner Steel Conference Center Thackeray and O'Hara Streets Pittsburgh, Pennsylvania 15260 (US).
BONDARENKO, Andrey [US/US]; (US)
Inventors: BONDARENKO, Andrey; (US).
YATES, Nathan A.; (US).
MULLETT, Steven James; (US).
BELL-TEMIN, Harris B.; (US)
Agent: SIMKIN, Michele; (US).
AGARWAL, Pavan K.; (US).
BECK, George; (US).
BERKOWITZ, Benjamin; (US).
BRINCKERHOFF, Courtenay; (US).
FELDHAUS, John J.; (US).
KAMINSKI, Michael D.; (US).
LAW, Glenn; (US).
MAEBIUS, Stephen; (US).
QUILLIN, George E.; (US).
RAWLINS, Andrew E.; (US).
SCHORR, Kristel; (US)
Priority Data:
62/399,777 26.09.2016 US
Title (EN) METHODS FOR IDENTIFYING PROTEINS THAT BIND LIGANDS
(FR) MÉTHODES D'IDENTIFICATION DE PROTÉINES SE LIANT À DES LIGANDS
Abstract: front page image
(EN)Provided herein are methods of identifying a protein capable of binding a ligand, the method comprising: (a) contacting the ligand with two or more samples comprising a plurality of proteins in a solution; (b) separating the proteins bound to the ligand ("bound proteins") from the proteins that are not bound to the ligand ("unbound proteins") in each sample; (c) denaturing and digesting the bound proteins to form a plurality of peptides in each sample; (d) quantifying a plurality of molecular features contained in the plurality of peptides in each sample, wherein the molecular features are defined as having a mass to charge ratio, retention time, and peak intensity as measured by mass spectrometry; and (e) ranking the molecular features that exhibit a statistically significant difference in quantity between the samples contacted with the ligand and a sample that is not contacted with the ligand ("statistically significant molecular feature").
(FR)La présente invention concerne des méthodes d'identification d'une protéine pouvant se lier à un ligand, la méthode consistant à : (a) mettre en contact le ligand avec deux échantillons ou plus comprenant une pluralité de protéines dans une solution; (b) séparer les protéines liées au ligand (« protéines liées ») des protéines qui ne sont pas liées au ligand (« protéines non liées ») dans chaque échantillon; (c) dénaturer et digérer les protéines liées de sorte à former une pluralité de peptides dans chaque échantillon; (d) quantifier une pluralité de caractéristiques moléculaires contenues dans la pluralité de peptides dans chaque échantillon, les caractéristiques moléculaires étant définies comme présentant un rapport masse sur charge, un temps de rétention et une intensité de crête telles que mesurées par spectrométrie de masse; et (e) classer les caractéristiques moléculaires qui présentent une différence statistiquement significative en termes de quantité entre les échantillons mis en contact avec le ligand et un échantillon qui n'est pas mis en contact avec le ligand (« caractéristique moléculaire statistiquement significative »).
Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DJ, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JO, JP, KE, KG, KH, KN, KP, KR, KW, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)