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1. (WO2018052131) IMMUNOLOGICAL ENTITY CLUSTERING SOFTWARE
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Pub. No.: WO/2018/052131 International Application No.: PCT/JP2017/033530
Publication Date: 22.03.2018 International Filing Date: 15.09.2017
IPC:
G06F 19/24 (2011.01) ,G01N 33/68 (2006.01) ,G06F 19/22 (2011.01)
Applicants: OSAKA UNIVERSITY[JP/JP]; 1-1, Yamadaoka, Suita-shi, Osaka 5650871, JP
Inventors: STANDLEY Daron Michaelangelo; JP
NIERI John David Oakley; JP
LI Songling; JP
SCHRITT Dimitri; JP
YAMASHITA Kazuo; JP
Agent: YAMAMOTO Shusaku; JP
MORISHITA Natsuki; JP
KOMATANI Takeshi; JP
IIDA Takatoshi; JP
ISHIKAWA Daisuke; JP
YAMAMOTO Kensaku; JP
Priority Data:
2016-18152016.09.2016JP
Title (EN) IMMUNOLOGICAL ENTITY CLUSTERING SOFTWARE
(FR) LOGICIEL DE REGROUPEMENT D'ENTITÉS IMMUNOLOGIQUES
(JA) 免疫実体クラスタリングソフトウェア
Abstract: front page image
(EN) The present invention provides a novel method for classifying antibodies. Specifically, the present invention provides, for a first immunological entity and a second immunological entity, a method for classifying whether a binding epitope is the same or different, and a method for performing clustering based on the classification, the methods including: identifying an array of immunological entities such as antibodies as several portions (for example, a framework region and three CDRs); in order to define a storage region, using the array as a three-dimensional structure model; introducing an index of similarity such as structure and/or array characteristic amounts into an evaluation function for evaluating the similarity or dissimilarity of two immunological entities; and analogizing the similarity of an epitope on the basis of the similarity of an antibody.
(FR) L'invention concerne un nouveau procédé permettant de classer des anticorps. En particulier, l’invention concerne, pour une première entité immunologique et une seconde entité immunologique, un procédé permettant de classer si un épitope de liaison est identique ou différent, ainsi qu’un procédé permettant d’effectuer un regroupement d'après la classification, lesdits procédés consistant à : identifier un réseau d'entités immunologiques telles que des anticorps en tant que plusieurs parties (p. ex., une région cadre et trois CDR) afin de définir une région de stockage à l'aide du réseau en tant que modèle de structure tridimensionnelle ; introduire un indice de similitude tel qu'une structure et/ou des quantités caractéristiques de réseau dans une fonction d'évaluation permettant d’évaluer la similitude ou l’absence de similitude de deux entités immunologiques ; et représenter par analogie la similitude d'un épitope d’après la similitude d'un anticorps.
(JA) 本発明は、抗体の新たな分類手法を提供する。詳細には、本発明は、抗体等の免疫実体の配列を幾つかの部分として同定すること(例えば、フレームワーク領域と3つのCDR);保存領域を定義するため、3次元構造モデルと配列を用いること;2つの免疫実体の類似性と非類似性を評価するための評価関数に、構造および/または配列特徴量等の類似度の指標を取り入れること;抗体の類似性からエピトープの類似性を類推することを含む、第一の免疫実体(immunological entity)および第二の免疫実体について、結合するエピトープが同一か異なるかを分類する方法およびこれに基づきクラスタリングを行う方法を提供する。
Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DJ, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JO, JP, KE, KG, KH, KN, KP, KR, KW, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW
African Regional Intellectual Property Organization (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Office (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
European Patent Office (EPO) (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG)
Publication Language: Japanese (JA)
Filing Language: Japanese (JA)