Some content of this application is unavailable at the moment.
If this situation persist, please contact us atFeedback&Contact
1. (WO2018042028) SINGLE NUCLEOTIDE DETECTION METHOD AND ASSOCIATED PROBES
Latest bibliographic data on file with the International Bureau    Submit observation

Pub. No.: WO/2018/042028 International Application No.: PCT/EP2017/072063
Publication Date: 08.03.2018 International Filing Date: 04.09.2017
IPC:
C12Q 1/68
C CHEMISTRY; METALLURGY
12
BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
Q
MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES OR MICRO-ORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
1
Measuring or testing processes involving enzymes or micro-organisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
68
involving nucleic acids
Applicants:
BASE4 INNOVATION LIMITED [GB/GB]; Broers Building JJ Thomson Avenue Cambridge, Cambridgeshire CB3 0FA, GB
Inventors:
BALMFORTH, Barnaby; GB
FRAYLING, Cameron Alexander; GB
Agent:
BRISCOE, Paul Brian; GB
Priority Data:
16187112.402.09.2016EP
1618915.109.11.2016GB
Title (EN) SINGLE NUCLEOTIDE DETECTION METHOD AND ASSOCIATED PROBES
(FR) PROCÉDÉ DE DÉTECTION DE NUCLÉOTIDE UNIQUE ET SONDES ASSOCIÉES
Abstract:
(EN) A method of sequencing a nucleic acid such as DNA or RNA is provided. It is characterised by the steps of (1) generating a stream of single nucleoside triphosphates by progressive enzymatic digestion of the nucleic acid; (2) producing at least one substantially double-stranded oligonucleotide used probe by reacting, in the presence of a polymerase and a ligase, at least one of the single nucleoside triphosphates with a corresponding biological probe comprising (a) a first single-stranded oligonucleotide including a restriction endonuclease nicking-site, a single nucleotide capture site for capturing the single nucleoside triphosphate and oligonucleotide regions juxtaposed either side of the nicking-site bearing respectively at least one fluorophore and at least one quencher so as to render the fluorophores quenched and (b) second and third single-stranded oligonucleotides capable of hybridising to complementary regions on the first oligonucleotide either side of the capture site; (3) nicking the first oligonucleotide strand of the used probe at the nicking-site with a nicking restriction endonuclease to create separate first oligonucleotide components respectively bearing the fluorophores and the quenchers; (4) separating the first oligonucleotide components generated in step (3) from the complementary strand of the used probe and (5) detecting the fluorophores on the separated oligonucleotide component bearing them. The method is suitable for being performed in microdroplets. New biological probes and probe systems for use with the method are also described.
(FR) La présente invention décrit un procédé de séquençage d’un acide nucléique tel que de l’ADN ou de l’ARN. Ledit procédé est caractérisé par les étapes consistant en (1) la production d’un écoulement de triphosphates nucléosidiques uniques par digestion enzymatique progressive de l’acide nucléique ; (2) la production d’au moins une sonde utilisée d’oligonucléotide sensiblement double brin par la réaction, en la présence d’une polymérase et d’une ligase, d’au moins l’un des triphosphates nucléosidiques uniques avec une sonde biologique correspondante comprenant (a) un premier oligonucléotide simple brin comprenant un site de coupure endonucléase de restriction, un site de capture de nucléotide unique pour la capture du triphosphate nucléosidique unique et de régions oligonucléotidiques juxtaposées sur l’un ou l’autre côté du site de coupure portant respectivement au moins un fluorophore et au moins un extincteur de fluorescence afin d’éteindre les fluorophores et (b) de second et troisième oligonucléotides simple brin apte à s’hybrider aux régions complémentaires sur le premier oligonucléotide sur l’un ou l’autre côté du site de capture ; (3) la coupure du premier brin oligonucléotidique de la sonde utilisée au site de coupure avec une endonucléase de restriction de coupure afin de créer de premiers constituants oligonucléotidiques séparés portant respectivement les fluorophores et les extincteurs de fluorescence ; (4) la séparation des premiers constituants oligonucléotidiques générés dans l’étape (3) à partir du brin complémentaire de la sonde utilisée et (5) la détection des fluorophores sur le constituant oligonucléotidique séparé qui porte ces derniers. Le procédé convient à une réalisation par microgouttelettes. De nouveaux systèmes de sondes et sondes biologiques destinés à l’utilisation avec le procédé sont également décrits.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DJ, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JO, JP, KE, KG, KH, KN, KP, KR, KW, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW
African Regional Intellectual Property Organization (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Office (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
European Patent Office (EPO) (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG)
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)