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1. (WO2018036897) LABELLED COMPOUNDS AND METHODS FOR MASS SPECTROMETRY-BASED QUANTIFICATION
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Pub. No.:    WO/2018/036897    International Application No.:    PCT/EP2017/070823
Publication Date: 01.03.2018 International Filing Date: 17.08.2017
IPC:
G01N 33/68 (2006.01)
Applicants: BIOGNOSYS AG [CH/CH]; Wagistrasse 25 8952 Schlieren (CH)
Inventors: MÜLLER, Susanne Leslie; (CH).
REITER, Lukas; (CH)
Agent: BREMI, Tobias; (CH)
Priority Data:
16185189.4 22.08.2016 EP
Title (EN) LABELLED COMPOUNDS AND METHODS FOR MASS SPECTROMETRY-BASED QUANTIFICATION
(FR) COMPOSÉS MARQUÉS ET PROCÉDÉS DE QUANTIFICATION BASÉE SUR UNE SPECTROMÉTRIE DE MASSE
Abstract: front page image
(EN)The invention relates to methods for peptide and/or protein quantification by mass spectrometry using labeled peptides, wherein multiple labels lead to distinct fragments for the labeled peptides of the present invention and their unlabeled variant, thus facilitating data analysis and enhancing the potential for quantification. In further aspects the present invention relates to methods for selecting the label and label position. In even further aspects the present invention relates to sets of labeled peptides resulting from or for use in the above-mentioned methods. It is contemplated that the methods and substances of the invention will be especially useful for data-independent or multiplexed parallel reaction monitoring proteomics applications involving peptide quantification. A reference peptide is used in these methods, which is selectively isotopically labeled by having incorporated one isotopically labeled amino acid forming its very C-terminus or being one of the four terminal amino acids at the C-terminus and additionally one further isotopically labeled amino acid forming its very N-terminus, or being one of the four terminal amino acids at the N-terminus.
(FR)L'invention concerne des procédés de quantification de peptide et/ou de protéine par spectrométrie de masse à l'aide de peptides marqués, de multiples marqueurs conduisant à des fragments distincts pour les peptides marqués de la présente invention et de leur variant non marqué, facilitant ainsi l'analyse de données et améliorant le potentiel de quantification. Selon d'autres aspects, la présente invention concerne des procédés de sélection de l'étiquette et de la position de l'étiquette. Selon d'autres aspects encore, la présente invention concerne des ensembles de peptides marqués résultant des procédés susmentionnés ou destinés à être utilisés dans ces derniers. Il est envisagé que les procédés et les substances de l'invention soient particulièrement utiles pour des applications de protéomique de surveillance de réactions parallèles indépendantes de données ou multiplexées impliquant une quantification de peptide. Un peptide de référence est utilisé dans ces procédés, qui est marqué sélectivement par un isotope par incorporation d'un acide aminé marqué par l'isotope formant son extrémité C terminale ou étant l'un des quatre acides aminés terminaux au niveau de l'extrémité C terminale et en outre un autre acide aminé marqué par un isotope formant son extrémité N terminale, ou étant l'un des quatre acides aminés terminaux au niveau de l'extrémité N-terminale.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DJ, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JO, JP, KE, KG, KH, KN, KP, KR, KW, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)