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1. (WO2018013724) SYSTEM AND METHOD FOR TRANSPOSASE-MEDIATED AMPLICON SEQUENCING
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Pub. No.:    WO/2018/013724    International Application No.:    PCT/US2017/041771
Publication Date: 18.01.2018 International Filing Date: 12.07.2017
IPC:
C12Q 1/68 (2006.01)
Applicants: KAPA BIOSYSTEMS, INC. [US/US]; 200 Ballardvale Street Suite 250 Wilmington, Massachusetts 01887 (US)
Inventors: MILLER, Bronwen; (ZA).
VAN DER WALT, Eric; (ZA).
PENKLER, Jo-Anne Elizabeth; (ZA).
RANIK, Martin; (ZA)
Agent: ELRIFI, Ivor R.; (US).
MILLER, Katherine; (US)
Priority Data:
62/361,347 12.07.2016 US
62/402,523 30.09.2016 US
Title (EN) SYSTEM AND METHOD FOR TRANSPOSASE-MEDIATED AMPLICON SEQUENCING
(FR) SYSTÈME ET PROCÉDÉ DE SÉQUENÇAGE D'AMPLICON MÉDIÉ PAR UNE TRANSPOSASE
Abstract: front page image
(EN)The present invention provides a method for targeted enrichment of nucleic acids including contacting a nucleic acid including at least one region of interest with a plurality of transposase complexes. Each of the transposase complexes includes at least a transposase and a first polynucleotide having a transposon end sequence and a first label sequence. The method further includes incubating the nucleic acid and the transposase complexes under conditions whereby the nucleic acid is fragmented into a plurality of nucleic acid fragments including first polynucleotide attached to each 5' end of the nucleic acid fragments. The method further includes selectively amplifying the nucleic acid fragments, thereby enriching for a portion of the nucleic acid fragments including the at least one region of interest relative to a remaining portion of the nucleic acid fragments, and sequencing the enriched nucleic acid fragments.
(FR)La présente invention concerne un procédé d'enrichissement ciblé en acides nucléiques consistant à mettre en contact un acide nucléique comprenant au moins une région d'intérêt avec une pluralité de complexes de transposase. Chacun des complexes de transposase comprend au moins une transposase et un premier polynucléotide présentant une séquence d'extrémité de transposon et une première séquence d'étiquette. Le procédé consiste en outre à incuber l'acide nucléique et les complexes de transposase dans des conditions dans lesquelles l'acide nucléique est fragmenté en une pluralité de fragments d'acide nucléique, comprenant un premier polynucléotide fixé à chaque extrémité 5' des fragments d'acide nucléique. Le procédé consiste en outre à amplifier sélectivement des fragments d'acide nucléique, ce qui permet d'enrichir une partie des fragments d'acide nucléique comprenant ladite au moins une région d'intérêt par rapport à une partie restante des fragments d'acide nucléique, et de séquencer les fragments d'acide nucléique enrichis.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DJ, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JO, JP, KE, KG, KH, KN, KP, KR, KW, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)