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1. (WO2017214379) SIMULATING LIVING CELL IN SILICO
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Pub. No.: WO/2017/214379 International Application No.: PCT/US2017/036526
Publication Date: 14.12.2017 International Filing Date: 08.06.2017
IPC:
C12M 1/36 (2006.01) ,C12M 1/34 (2006.01)
C CHEMISTRY; METALLURGY
12
BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
M
APPARATUS FOR ENZYMOLOGY OR MICROBIOLOGY
1
Apparatus for enzymology or microbiology
36
including condition or time responsive control, e.g. automatically controlled fermentors
C CHEMISTRY; METALLURGY
12
BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
M
APPARATUS FOR ENZYMOLOGY OR MICROBIOLOGY
1
Apparatus for enzymology or microbiology
34
Measuring or testing with condition measuring or sensing means, e.g. colony counters
Applicants:
X DEVELOPMENT LLC [US/US]; 1600 Amphitheatre Parkway Mountain View, CA 94043, US
Inventors:
THOUPPAURACHCHI, Chirath; US
PEIKON, Ian; US
THOMPSON, Jason; US
SPALINK, Tammo; US
Agent:
RELLINGER, Benjamin, Addison; US
Priority Data:
15/177,04708.06.2016US
Title (EN) SIMULATING LIVING CELL IN SILICO
(FR) SIMULATION DE CELLULE VIVANTE IN SILICO
Abstract:
(EN) The behavior and/or internal activities of a microorganism can be simulated using a model of the microorganism. Such simulations can be used to determine the efficacy of treatments, disinfectants, antibiotics, chemotherapies, or other methods of interacting with the microorganism, or to provide some other information about the microorganism. Systems and methods are provided herein for fitting, refining, or otherwise improving such models in an automated fashion. Such systems and methods include performing whole-cell experiments to determine a correspondence between the predictions of such models and the actual behavior of samples of the microorganism. Such systems and methods also include, based on such determined correspondences, directly assessing determined discrete sets of properties of the microorganism and/or of constituents of the microorganism and updating parameters of the model corresponding to the properties of the discrete set such that the overall accuracy of the model is improved.
(FR) La présente invention décrit le comportement et/ou les activités internes d’un micro-organisme pouvant être simulés à l'aide d'un modèle du micro-organisme. De telles simulations peuvent être utilisées en vue de déterminer l’efficacité des traitements, des désinfectants, des antibiotiques, des chimiothérapies, ou d’autres procédés d’interaction avec le micro-organisme, ou en vue de fournir certaines autres informations sur le micro-organisme. Les systèmes et les procédés sont décrits ici pour l’ajustement, l’affinage, ou sinon l’amélioration de tels modèles d’une manière automatisée. De tels systèmes et procédés comprennent l’exécution d’expérimentations sur des cellules entières en vue de déterminer une correspondance entre les prédictions de tels modèles et le comportement réel des échantillons du micro-organisme. De tels systèmes et procédés comprennent également, sur la base de telles correspondances déterminées, l’évaluation directement déterminée d’ensembles discrets de propriétés du micro-organisme et/ou des constituants du micro-organisme et la mise à jour des paramètres du modèle correspondant aux propriétés de l’ensemble discret de sorte que la précision globale du modèle soit améliorée.
front page image
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Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)