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1. (WO2017202389) ADAPTER SUITABLE FOR ULTRA-TRACE DNA SEQUENCING, AND APPLICATION THEREOF
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Pub. No.:    WO/2017/202389    International Application No.:    PCT/CN2017/086330
Publication Date: 30.11.2017 International Filing Date: 27.05.2017
IPC:
C12N 15/11 (2006.01), C12N 15/10 (2006.01), C12Q 1/68 (2006.01), C40B 50/06 (2006.01)
Applicants: HAPLOX BIOTECHNOLOGY (SHENZHEN) CO., LTD. [CN/CN]; Room 1106, Yuanxing Technology Building (South), No. 1 Songpingshan Road, Gaoxinbei Distirct, Nanshan District Shenzhen, Guangdong 518055 (CN)
Inventors: ZHANG, Xiaoni; (CN).
LIU, Ming; (CN).
ZHONG, Guolin; (CN).
XU, Mingyan; (CN)
Agent: DHC IP ATTORNEYS; Suite 2201, Modern International Commercial Building, Cross of Fuhua Road and Jintian Road Futian District Shenzhen, Guangdong 518048 (CN)
Priority Data:
PCT/CN2016/083748 27.05.2016 CN
Title (EN) ADAPTER SUITABLE FOR ULTRA-TRACE DNA SEQUENCING, AND APPLICATION THEREOF
(FR) ADAPTATEUR APPROPRIÉ POUR LE SÉQUENÇAGE D'ULTRATRACES D'ADN ET APPLICATION CORRESPONDANTE
(ZH) 一种适用于超微量DNA测序的接头及其应用
Abstract: front page image
(EN)An adapter suitable for ultra-trace DNA sequencing, and an application thereof. From the 5' end to the 3' end the adapter comprises in turn a Tag sequence, a PolyN sequence, a first hairpin complementary sequence, a first hairpin structure sequence, dUTP, a second hairpin structure sequence, and a second hairpin complementary sequence; the second hairpin complementary sequence is a reverse complementary sequence of the first hairpin complementary sequence; and the 5' end of the adapter has a phosphorylation tag. Hairpin structures are designed in the present adapter such that, when in use, the adapter self-forms the hairpin structures and is ligated to DNA to be sequenced, effectively preventing the problem of low ligation efficiency caused by self-ligation of the adapter when being ligated to DNA to be sequenced. The present adapter is particularly suitable for use in ultra-trace DNA library construction and sequencing, and for laying the foundation for accurate detection of ctDNA.
(FR)L'invention porte sur un adaptateur approprié pour le séquençage d'ultratraces d'ADN et sur une application correspondante. De l'extrémité 5' à l'extrémité 3', l'adaptateur comprend, l'un après l'autre, une séquence d'étiquette, une séquence PolyN, une première séquence complémentaire en épingle à cheveux, une première séquence de structure en épingle à cheveux, dUTP, une deuxième séquence de structure en épingle à cheveux et une deuxième séquence complémentaire en épingle à cheveux ; la deuxième séquence complémentaire en épingle à cheveux est une séquence complémentaire inverse de la première séquence complémentaire en épingle à cheveux ; et l'extrémité 5' de l'adaptateur comporte une étiquette de phosphorylation. Les structures en épingle à cheveux sont conçues dans le présent adaptateur de sorte que, lors de l'utilisation, l'adaptateur forme lui-même les structures en épingle à cheveux et est lié à l'ADN à séquencer, empêchant ainsi efficacement le problème d'une faible efficacité de ligature provoqué par l'autoligature de l'adaptateur lorsqu'il est lié à l'ADN à séquencer. L'adaptateur selon la présente invention est particulièrement approprié pour être utilisé dans la construction et le séquençage d'une banque d'ultratraces d'ADN et pour la mise en place de la fondation pour une détection précise de l'ADN tumoral circulant (ctDNA).
(ZH)一种适用于超微量DNA测序的接头及其应用。该接头从5'端到3'端依序包括Tag序列、PolyN序列、第一发夹互补序列、第一发夹结构序列、dUTP、第二发夹结构序列和第二发夹互补序列;第二发夹互补序列为第一发夹互补序列的反向互补序列;并且,接头的5'端具有磷酸化标记。该接头,在其中设计发夹结构,使用时,接头自身形成发夹结构,然后与待测DNA进行连接,这样有效的避免了接头在与待测DNA连接时的自连,从而避免了由此造成的连接效率低的问题。该接头特别适用于超微量DNA的文库构建和测序,为ctDNA的准确检测奠定了基础。
Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DJ, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JP, KE, KG, KH, KN, KP, KR, KW, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
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African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: Chinese (ZH)
Filing Language: Chinese (ZH)