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1. (WO2017196264) RIBONUCLEIC ACID (RNA) INTERACTIONS
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Pub. No.: WO/2017/196264 International Application No.: PCT/SG2017/050254
Publication Date: 16.11.2017 International Filing Date: 12.05.2017
IPC:
C12Q 1/68 (2006.01)
Applicants: AGENCY FOR SCIENCE, TECHNOLOGY AND RESEARCH[SG/SG]; 1 Fusionopolis Way, #20-10 Connexis Singapore 138632, SG
Inventors: WAN, Yue; SG
AW, Jong Ghut Ashley; SG
NAGARAJAN, Niranjan; SG
WILM, Andreas; SG
SUN, Miao; SG
Agent: DONALDSON & BURKINSHAW LLP; 24 Raffles Place #15-00 Clifford Centre Singapore 048621, SG
Priority Data:
10201603786V12.05.2016SG
Title (EN) RIBONUCLEIC ACID (RNA) INTERACTIONS
(FR) INTERACTIONS D'ACIDE RIBONUCLÉIQUE (ARN)
Abstract: front page image
(EN) The invention relates to a method for analysing ribonucleic acid (RNA) interactions comprising : a) cross-linking base- paired nucleotides of at least one RNA molecule and/or at least one pair of RNA molecules using a tagged, reversible cross-linking agent (preferably tagged-psoralen) under ultraviolet irradiation; b) fragmenting the said cross-linked RNA molecule(s); c) using said tag to extract said cross-linked RNA fragment(s); d) ligating the said cross-linked RNA fragment(s) to produce cross-linked ligated RNA chimera(s); e) reversing the cross-linking of the said agent to the said RNA molecule(s); f) preparing a sequence library by sequencing the ligated RNA chimera molecule(s) or pair(s); and g) analysing the sequence library to determine RNA interactions. Also disclosed is a method of studying a subject by analysing RNA interactions and attributing them to a clinical picture, or a drug discovery method by attributing an efficacy score to the drug based upon determined RNA interactions.
(FR) L'invention concerne un procédé d'analyse d'interactions d'acide ribonucléique (ARN) qui consiste: a) à réticuler des nucléotides appariés à la base d'au moins une molécule d'ARN et/ou d'au moins une paire de molécules d'ARN au moyen d'un agent de réticulation réversible marqué (de préférence un psoralène marqué) sous rayonnement ultraviolet; b) à fragmenter lesdites molécules d'ARN réticulées; c) à utiliser ce marqueur pour extraire lesdits fragments d'ARN réticulés; d) à ligaturer lesdits fragments d'ARN réticulés pour produire une ou des chimères d'ARN ligaturées, réticulées; e) à inverser la réticulation dudit agent pour obtenir lesdites molécules d'ARN; f) à préparer une bibliothèque de séquences par séquençage des molécules chimères d'ARN ligaturées ou paires; et g) à analyser la bibliothèque de séquences pour déterminer des interactions d'ARN. L'invention concerne également une méthode d'étude d'un sujet par analyse d'interactions d'ARN et leur attribution à une image clinique, ou une méthode de découverte de médicament par attribution d'une note d'efficacité au médicament sur la base d'interactions d'ARN déterminées.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DJ, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JP, KE, KG, KH, KN, KP, KR, KW, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW
African Regional Intellectual Property Organization (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Office (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
European Patent Office (EPO) (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG)
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)