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1. (WO2017190138) NOVEL METHODS FOR QUANTIFYING PROTEINS USING PHAGE-BASED SEQUENCING
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Pub. No.:    WO/2017/190138    International Application No.:    PCT/US2017/030421
Publication Date: 02.11.2017 International Filing Date: 01.05.2017
IPC:
C40B 40/02 (2006.01), C40B 30/04 (2006.01), C12N 7/01 (2006.01), C07K 19/00 (2006.01), C12Q 1/68 (2006.01)
Applicants: THE REGENTS OF THE UNIVERSITY OF CALIFORNIA [US/US]; 1111 Franklin Street Twelfth Floor Oakland, California 94607-5200 (US).
UNIVERSITY OF TORONTO [CA/CA]; 160 College St. Toronto, Ontario M5S 3E1 (CA)
Inventors: WELLS, James A.; (US).
POLLOCK, Samuel; (US).
SIDHU, Sachdev; (CA).
MOFFAT, Jason; (CA)
Agent: BUCK, Todd B.; (US).
BOSWELL, Mary Jane; (US).
BROOKE, Adam D.; (US).
BUSBY, Robert W.; (US).
CANGRO, Bradford A.; (US).
CHERUKURI, Kavitha B.; (US).
GAYBRICK, Robert J.; (US).
GOODELL, Robert J.; (US).
LEE, H. Janice; (US).
LEVENTHAL, Rachael Lea; (US).
LOWEN, Gregory T.; (US).
OHARA, Toyomi; (US).
PARK, Collin W.; (US).
PETERSON, Jeremy; (US).
SNODGRASS, Jacob A.; (US).
SMYTH, Robert; (US).
YOU, Xiaobin; (US).
ZELE, John D.; (US).
MANN, Jeffry S.; (US)
Priority Data:
62/329,730 29.04.2016 US
Title (EN) NOVEL METHODS FOR QUANTIFYING PROTEINS USING PHAGE-BASED SEQUENCING
(FR) NOUVEAUX PROCÉDÉS DE QUANTIFICATION DE PROTÉINES PAR SÉQUENÇAGE À BASE DE PHAGES
Abstract: front page image
(EN)The present invention provides methods of identifying the presence and relative abundance of a protein in or on a cell or population of cells, with the methods comprising applying to a population of cellular proteins a collection of Fab-phage particles that contain nucleic acid encoding at least one antibody Fab fragment, wherein each of the antibody Fab fragments has a known protein to which it will bind in a specific manner. After binding is allowed to occur, those Fab-phage not bound to targets are washed away and the remaining phage are propagated in bacteria before the nucleic acid within the Fab-phage is amplified and then sequenced to determine the polynucleotide sequences of the nucleic acid molecules from the Fab-phages that bound to the cellular proteins. The nucleotide sequences of the nucleic acid molecules from the Fab-phages correlate to the coding sequences of the antibody Fab fragments that are known to bind in a specific manner to a protein.
(FR)La présente invention concerne des procédés permettant d'identifier la présence et l'abondance relative d'une protéine dans ou sur une cellule ou une population de cellules, les procédés consistant à appliquer à une population de protéines cellulaires un ensemble de particules de phage Fab qui contiennent un acide nucléique codant au moins un fragment Fab d'anticorps, chacun des fragments Fab d'anticorps possédant une protéine connue à laquelle il se lie de manière spécifique. Une fois la liaison faite, le phage Fab non lié aux cibles est éliminé par un lavage et le phage restant est multiplié dans des bactéries ; l'acide nucléique à l'intérieur du phage Fab est ensuite amplifié puis séquencé pour déterminer les séquences polynucléotidiques des molécules d'acide nucléique des phages Fab qui se sont liés aux protéines cellulaires. Les séquences nucléotidiques des molécules d'acide nucléique des phages Fab sont corrélées aux séquences de codage des fragments Fab d'anticorps qui sont connus pour se lier de manière spécifique à une protéine.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DJ, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JP, KE, KG, KH, KN, KP, KR, KW, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)