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1. (WO2017182578) METHOD FOR GENERATING A STRANDED RNA LIBRARY
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Pub. No.: WO/2017/182578 International Application No.: PCT/EP2017/059412
Publication Date: 26.10.2017 International Filing Date: 20.04.2017
IPC:
C12N 15/10 (2006.01)
C CHEMISTRY; METALLURGY
12
BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
N
MICRO-ORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICRO-ORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
15
Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
09
Recombinant DNA-technology
10
Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
Applicants: QIAGEN GMBH[DE/DE]; Qiagen Str. 1 40724 Hilden, DE
Inventors: FANG, Nan; DE
KREBS, Wolfgang; DE
HAUPT, Isabell; DE
Agent: CH KILGER ANWALTSPARTNERSCHAFT MBB; Fasanenstraße 29 10719 Berlin, DE
Priority Data:
16166179.820.04.2016EP
Title (EN) METHOD FOR GENERATING A STRANDED RNA LIBRARY
(FR) PROCÉDÉ DE GÉNÉRATION D’UNE BANQUE D’ARN BRIN-SPÉCIFIQUE
Abstract:
(EN) The invention relates to a method for preparing a strand-specific library from an nucleic acid or preferably RNA sample, for RNA comprising the steps of: (i) optionally fragmenting said RNA sample, (ii) generating a plurality of first cDNA strands by subjecting said fragmented RNA to reverse transcription by using a reverse transcriptase and first oligonucleotide primers, (iii) generating a plurality of second cDNA strands by using a DNA polymerase, second oligonucleotide primers, and the plurality of first cDNA strands, and (iv) ligating adapters to the 3' and 5' termini of the of double- stranded cDNA, (v) wherein the first cDNA strand allows no adapter ligation at its 5' terminus and said second cDNA strand allows adapter ligation at its 5' terminus, or vice versa, and, (v) optionally cloning, sequencing or otherwise using the strand-specific library. The invention also relates to a kit for preparing a strand-specific library from an RNA sample, wherein said kit comprises, (i) random oligonucleotide primers comprising a 5' terminus nucleotide which allows no adaptor ligation, (ii) random oligonucleotide primers comprising a 5' terminus nucleotide which allows adaptor ligation, (iii) optionally a reverse transcriptase for synthesizing a first cDNA strand complementary to the template RNA, (iv) optionally dNTPs, and (v) optionally a DNA polymerase
(FR) La présente invention concerne un procédé de préparation d’une banque brin-spécifique à partir d’un échantillon d’acide nucléique ou, de préférence, d’ARN, pour un ARN comprenant les étapes de : (i) facultativement, fragmentation dudit échantillon d'ARN, (ii) génération d'une pluralité de premiers brins d'ADNc par soumission dudit ARN fragmenté à une transcription inverse en utilisant une transcriptase inverse et des premières amorces oligonucléotidiques, (iii) génération d'une pluralité de deuxièmes brins d'ADNc au moyen d'une ADN polymérase, de deuxièmes amorces oligonucléotidiques, et de la pluralité de premiers brins d'ADNc, et (iv) ligature d’adaptateurs aux terminaisons 3'et 5' de l'ADNc double brin, (v) le premier brin d'ADNc ne permettant pas une ligature d'adaptateur à son extrémité 5' et ledit deuxième brin d'ADNc permettant une ligature d'adaptateur à son extrémité 5 ', ou réciproquement, et (v) facultativement le clonage, le séquençage ou une autre utilisation de la banque brin-spécifique. L'invention concerne en outre un kit pour préparer une banque brin-spécifique à partir d'un échantillon d'ARN, ledit kit comprenant, (i) des amorces oligonucléotidiques statistiques comprenant un nucléotide 5'-terminal qui ne permet pas de ligature d'adaptateur, (ii) des amorces oligonucléotidiques aléatoires comprenant un nucléotide 5'-terminal qui permet une ligature d'adaptateur, (iii) facultativement une transcriptase inverse pour synthétiser un premier brin d'ADNc complémentaire de la matrice d’ARN, (iv) facultativement des dNTP, et (v) facultativement une ADN polymérase.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DJ, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JP, KE, KG, KH, KN, KP, KR, KW, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW
African Regional Intellectual Property Organization (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Office (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
European Patent Office (EPO) (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG)
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)