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1. (WO2017178345) SUB-POPULATION DETECTION AND QUANTIZATION OF RECEPTOR-LIGAND STATES FOR CHARACTERIZING INTER-CELLULAR COMMUNICATION AND INTRATUMORAL HETEROGENEITY
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Pub. No.:    WO/2017/178345    International Application No.:    PCT/EP2017/058322
Publication Date: 19.10.2017 International Filing Date: 07.04.2017
IPC:
C12Q 1/68 (2006.01)
Applicants: KONINKLIJKE PHILIPS N.V. [NL/NL]; High Tech Campus 5 5656 AE Eindhoven (NL)
Inventors: SANTHANAM, Balaji Srinivasan; (NL).
CHEUNG, Yee Him; (NL).
AGRAWAL, Vartika; (NL).
DE BONT, Johanna Maria; (NL).
DIMITROVA, Nevenka; (NL)
Agent: DE HAAN, Poul, Erik; (NL)
Priority Data:
62/323288 15.04.2016 US
Title (EN) SUB-POPULATION DETECTION AND QUANTIZATION OF RECEPTOR-LIGAND STATES FOR CHARACTERIZING INTER-CELLULAR COMMUNICATION AND INTRATUMORAL HETEROGENEITY
(FR) DÉTECTION DE SOUS-POPULATION ET QUANTIFICATION D’ÉTATS RÉCEPTEUR-LIGAND DESTINÉES À LA CARACTÉRISATION DE LA COMMUNICATION INTERCELLULAIRE ET DE L’HÉTÉROGÉNÉITÉ INTRATUMORALE
Abstract: front page image
(EN)A system for characterizing intercellular communication and heterogeneity in cancer tumors, and more particularly a method for detecting sub-populations and receptor-ligand states for providing predictive information in relation to cancer and cancer treatment is disclosed. The system comprises the steps of obtaining from a NGS sequencer, single- cell RNA-seq for a plurality of cells within a tumor, correlation with a plurality of data sets from a curated gene list of receptor-ligand pairs, normalizing their transcript abundance data, assigning states (e.g. 0,1,2,3) to each curated receptor-ligand pair in each cell (e.g. depending on {L:R} = {0:0, 0:1, 1:0, 1:1}), thereby forming a matrix of receptor-ligand states, extracting sub-groups from the matrix that are not invariant and applying unsupervised clustering methods to identifying sub-clusters, identifying sub-populations within the set based on pair-wise distances between individual cells and similarity of cellular transcriptomes, identifying expressed ligands and receptors across the sub- populations, cross-referencing against the curated set of receptor-ligand pairs and providing a visually display the results by a mapping module for the clinician. The method can be used to study intercellular communication to elicit the etiology of diseases, and can be used to measure the disruption of intercellular communication to diagnose similarly disrupted disease patterns across patients.
(FR)La présente invention décrit un système de caractérisation de la communication intercellulaire et de l’hétérogénéité parmi des tumeurs cancéreuses, et plus particulièrement un procédé de détection de sous-populations et d’états récepteur-ligand destiné à fournir une information prédictive en relation au cancer et au traitement du cancer. Le système comprend les étapes d’obtention à partir d’un séquenceur NGS, d’une séquence d’ARN à cellules uniques pour une pluralité de cellules au sein d’une tumeur, la corrélation avec une pluralité d’ensembles de données provenant d’une liste de gènes traités de paires récepteur-ligand, la normalisation des données d’abondance de produits de transcription, l'attribution d’états (par exemple 0, 1, 2, 3) à chaque paire de récepteur-ligand traitée dans chaque cellule (par exemple en fonction de {L:R} = {0:0, 0:1, 1:0, 1:1}), formant de là une matrice d’états récepteur-ligand, l'extraction de sous-groupes de la matrice qui ne sont pas invariants et l'application de procédés de regroupement non supervisés permettant d’identifier des sous-amas, l'identification de sous-populations à l’intérieur de l’ensemble basé sur les distances type paires entre les cellules individuelles et de similitude des transcriptomes cellulaires, l'identification des ligands exprimés et des récepteurs à travers les sous-populations, le référençage croisé par rapport à l’ensemble traité des paires récepteur-ligand et la fourniture d’un affichage de manière visuelle des résultats par un module de cartographie destiné au clinicien. Le procédé peut être utilisé pour étudier la communication intercellulaire afin d’éclaircir l’étiologie des maladies, et peut être utilisé pour mesurer l’interruption de la communication intercellulaire afin de diagnostiquer des profils de maladies interrompus de la même manière parmi des patients.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DJ, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JP, KE, KG, KH, KN, KP, KR, KW, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)