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1. (WO2017174572) NUCLEIC ACID SAMPLE PREPARATION METHODS
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Pub. No.:    WO/2017/174572    International Application No.:    PCT/EP2017/057974
Publication Date: 12.10.2017 International Filing Date: 04.04.2017
IPC:
C12Q 1/68 (2006.01)
Applicants: F. HOFFMANN-LA ROCHE AG [CH/CH]; Grenzacherstrasse 124 4070 Basel (CH) (AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BE, BF, BG, BH, BJ, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CF, CG, CH, CI, CL, CM, CN, CO, CR, CU, CY, CZ, DJ, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, FR, GA, GB, GD, GE, GH, GM, GN, GQ, GR, GT, GW, HN, HR, HU, ID, IE, IL, IN, IR, IS, IT, JP, KE, KG, KH, KM, KN, KP, KR, KW, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, LY, MA, MC, MD, ME, MG, MK, ML, MN, MR, MT, MW, MX, MY, MZ, NA, NE, NG, NI, NL, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SI, SK, SL, SM, SN, ST, SV, SY, SZ, TD, TG, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW only).
ROCHE DIAGNOSTICS GMBH [DE/DE]; Sandhofer Straße 116 68305 Mannheim (DE) (DE only).
ROCHE SEQUENCING SOLUTIONS, INC. [US/US]; 4300 Hacienda Drive Pleasanton, CA 94588 (US) (US only)
Inventors: DAVIS, Randall; (US).
DORWART, Michael; (US).
MOK, Janine; (US)
Agent: HILDEBRANDT, Martin; (DE).
BURGER, Alexander; (DE).
EISENMANN, Ulrike; (DE).
GOEHRING, Frank; (DE).
JENNI, Wolfgang; (DE).
MERTES, Maria; (DE).
MISERA, Simon; (DE).
NASER, Werner; (DE).
SKOLAUT, Alexander; (DE).
WOLTERS, Brit; (DE).
HEINEMEYER, Thomas; (DE)
Priority Data:
62/318,187 04.04.2016 US
62/407,357 12.10.2016 US
Title (EN) NUCLEIC ACID SAMPLE PREPARATION METHODS
(FR) PROCÉDÉS DE PRÉPARATION D’UN ÉCHANTILLON D’ACIDE NUCLÉIQUE
Abstract: front page image
(EN)Provided are methods of nucleic acid sample preparation for analysis, including analysis using nanopore sequencing applications. In particular provided are methods that allow for the creation of circular and linear DNA samples that contain asymmetric ends to ligate different and desired adaptors to the end of the sample, methods to create single nucleic acid molecules that automatically form concatemers for higher sequencing throughput; methods to create multiple copies (temperature dependent, multi-primed, open-fold replication) of one original nucleic acid sample, or to create single nucleic acid molecules containing multiple copies of more than one original nucleic acid sample (concatemerized samples) for improved accuracy and throughput are described; and methods for improved modified base calling.
(FR)La présente invention décrit des procédés de préparation d’échantillon d’acide nucléique destiné à l’analyse, comprenant l’analyse en utilisant des applications de séquençage de nanopore. En particulier sont prévus des procédés qui permettent la création d’échantillons d’ADN circulaires et linéaires qui contiennent des extrémités asymétriques afin de ligaturer des adaptateurs différents et souhaités à l’extrémité de l’échantillon, des procédés de création de molécules d’acide nucléique uniques qui forment automatiquement des concatémères pour le débit de séquençage supérieur ; des procédés de création de copies multiple (réplication de repliement ouverte, multi-amorce, dépendante de la température) d’un échantillon d’acide nucléique d’origine, ou de création de molécules d’acide nucléique uniques contenant de multiple copies de plus d’un échantillon d’acide nucléique d’origine (échantillons concatémérisés) pour une précision et un débit améliorés ; et des procédés améliorés d’appel de base modifié.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DJ, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JP, KE, KG, KH, KN, KP, KR, KW, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)