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1. (WO2017091727) MODELING OF SYSTEMATIC IMMUNITY IN PATIENTS
Latest bibliographic data on file with the International Bureau

Pub. No.: WO/2017/091727 International Application No.: PCT/US2016/063602
Publication Date: 01.06.2017 International Filing Date: 23.11.2016
IPC:
G06F 19/00 (2011.01) ,G06F 19/12 (2011.01) ,G06F 19/24 (2011.01)
G PHYSICS
06
COMPUTING; CALCULATING; COUNTING
F
ELECTRIC DIGITAL DATA PROCESSING
19
Digital computing or data processing equipment or methods, specially adapted for specific applications
G PHYSICS
06
COMPUTING; CALCULATING; COUNTING
F
ELECTRIC DIGITAL DATA PROCESSING
19
Digital computing or data processing equipment or methods, specially adapted for specific applications
10
Bioinformatics, i.e. methods or systems for genetic or protein-related data processing in computational molecular biology
12
for modelling or simulation in systems biology, e.g. probabilistic or dynamic models, gene-regulatory networks, protein interaction networks or metabolic networks
G PHYSICS
06
COMPUTING; CALCULATING; COUNTING
F
ELECTRIC DIGITAL DATA PROCESSING
19
Digital computing or data processing equipment or methods, specially adapted for specific applications
10
Bioinformatics, i.e. methods or systems for genetic or protein-related data processing in computational molecular biology
24
for machine learning, data mining or biostatistics, e.g. pattern finding, knowledge discovery, rule extraction, correlation, clustering or classification
Applicants:
MAYO FOUNDATIΟΝ FOR MEDICAL EDUCATION AND RESEARCH [US/US]; 200 First Street S.W. Rochester, Minnesota 55905, US
TURNER, James D. [US/US]; US
FRISCH, Harold P. [US/US]; US
Inventors:
TURNER, James D.; US
FRISCH, Harold P.; US
MARKOVIC, Svetomir N.; US
Agent:
HOFF, Christopher C.; US
FINN III, J. Patrick; US
Priority Data:
62/258,89723.11.2015US
Title (EN) MODELING OF SYSTEMATIC IMMUNITY IN PATIENTS
(FR) MODÉLISATION D’IMMUNITÉ SYSTÉMATIQUE CHEZ DES PATIENTS
Abstract:
(EN) In one implementation, a computer-implemented method includes accessing patient-derived blood data; identifying biomarker pair interactions based on signal processing of the patient-derived blood data; generating a data model that characterizes one or more aspects of human immune system interactions based on reverse engineering of the human immune system interactions using the identified biomarker pair interactions; evaluating suitability of the data model, wherein the evaluating includes: statistically testing the data model in characterizing correlations between biomarker pairs; decomposing the data model to determine (i) model order accuracy, (ii) whether biomarker nodes act in together or opposite each other, and (iii) normalized data with dynamic effects of homeostasis removed; and quantifying degrees to which the data model accurately correlates patient treatments to patient outcomes; and providing the data model for use in treatment-based decision making based on the evaluating.
(FR) Selon un mode de réalisation, un procédé mis en œuvre par ordinateur comprend l’accès à des données de sang déduites d’un patient ; l’identification d’interactions de paires de biomarqueurs sur la base d’un traitement de signal des données de sang déduites du patient ; la génération d’un modèle de données qui caractérise un ou plusieurs aspects d’interactions du système immunitaire humain sur la base d’une rétro-ingénierie des interactions du système immunitaire humain à l’aide des interactions identifiées de paires de biomarqueurs ; l’évaluation de la pertinence du modèle de données, l’évaluation comprenant : le test statistique du modèle de données par une caractérisation de corrélations entre des paires de biomarqueurs ; la décomposition du modèle de données pour déterminer (i) une précision d’ordre du modèle, (ii) si des nœuds de biomarqueurs agissent les uns avec les autres ou les uns contre les autres, et (iii) des données normalisées avec des effets dynamiques d’homéostase supprimés ; et la quantification de degrés auxquels le modèle de données met précisément en corrélation des traitements de patient à des résultats de patient ; et la fourniture du modèle de données pour une utilisation dans une prise de décision basée sur le traitement sur la base de l’évaluation.
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European Patent Office (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG)
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)
Also published as:
CA3006094US20180357359