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1. (WO2017061609) TUMOR DETERMINATION METHOD
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2017/061609    International Application No.:    PCT/JP2016/079969
Publication Date: 13.04.2017 International Filing Date: 07.10.2016
IPC:
C12N 15/00 (2006.01), C12N 15/09 (2006.01), C12Q 1/68 (2006.01), G01N 30/02 (2006.01), G01N 30/88 (2006.01)
Applicants: JAPANESE FOUNDATION FOR CANCER RESEARCH [JP/JP]; 3-8-31, Ariake, Koto-ku, Tokyo 1358550 (JP).
SEKISUI MEDICAL CO., LTD. [JP/JP]; 1-3, Nihonbashi 2-chome, Chuo-ku, Tokyo 1030027 (JP)
Inventors: ARAI, Masami; (JP).
NOMURA, Sachio; (JP).
NEMOTO, Yuriko; (JP).
YOTANI, Takuya; (JP)
Agent: THE PATENT CORPORATE BODY ARUGA PATENT OFFICE; Sawanotsuru Ningyocho Bldg., 1-3-8, Nihonbashi Ningyocho, Chuo-ku, Tokyo 1030013 (JP)
Priority Data:
2015-199819 07.10.2015 JP
Title (EN) TUMOR DETERMINATION METHOD
(FR) PROCÉDÉ DE DÉTERMINATION DE TUMEURS
(JA) 腫瘍の判定方法
Abstract: front page image
(EN)Provided is a tumor determination method. This tumor determination method comprises: (1) a step for treating, with a bisulfite salt, a genome DNA prepared from a tissue or cell to be tested (the tissue or cell to be tested is derived from a patient who is affected by a tumor and in which it has been determined that (i) the tumor expresses no or low MSI-H by MSI testing and/or the tumor expresses no or low MLH1 by immunohistochemical testing, and in which (ii) no mutation of MLH1 is observed by genetic testing); (2) a step for PCR-amplifying a DNA including a portion or all of the MLH1 promoter region from the DNA treated with the bisulfite salt; (3) a step for obtaining a detection signal by subjecting the PCR amplified product to ion-exchange chromatography; (4) a step for determining whether or not a peak in the detection signal is a peak indicating a highly methylated DNA; and (5) a step for determining that, if said peak is determined as a peak indicating a highly methylated DNA, said tumor is a tumor derived from a patient who does not have Lynch syndrome.
(FR)L'invention concerne un procédé de détermination de tumeurs. Ce procédé de détermination de tumeurs comprend : (1) une étape consistant à traiter, avec un sel de bisulfite, un ADN génomique préparé à partir d'un tissu ou d'une cellule à tester (le tissu ou la cellule à tester provient d'un patient qui est atteint par une tumeur et chez qui il a été déterminé que (i) la tumeur n'exprime pas de MSI-H ou exprime un faible MSI-H par un test de MSI et/ou la tumeur n'exprime pas de MLH1 ou exprime un faible MLH1 par un test immunohistochimique et chez qui (ii) aucune mutation du MLH1 n'est observée par un test génétique); (2) une étape consistant à amplifier par PCR un ADN comprenant une partie ou la totalité de la région promoteur de MLH1 de l'ADN traité avec le sel bisulfite; (3) une étape consistant à obtenir un signal de détection par la soumission du produit amplifié par PCR à une chromatographie par échange ionique; (4) une étape consistant à déterminer si un pic dans le signal de détection est, ou non, un pic indiquant un ADN fortement méthylé; et (5) une étape consistant à déterminer que, si ledit pic est déterminé comme étant un pic indiquant un ADN hautement méthylé, ladite tumeur est une tumeur provenant d'un patient qui n'est pas porteur du syndrome de Lynch.
(JA)腫瘍の判定方法の提供。以下を含む腫瘍の判定方法:1)被験組織または細胞から調製されたゲノムDNAを亜硫酸水素塩で処理する工程(該被験組織または細胞は、腫瘍に罹患した患者であって(i)該腫瘍がMSI検査でMSI-Hおよび/または該腫瘍が免疫組織化学検査でMLH1の発現がないかもしくは低下している、かつ(ii)遺伝学的検査によりMLH1に変異が認められない、と判定された患者由来である);2)該亜硫酸水素塩処理DNAからMLH1プロモーター領域の一部または全部を含むDNAをPCR増幅する工程;3)該PCR増幅産物をイオン交換クロマトグラフィーにかけ、検出シグナルを得る工程;4)該検出シグナルのピークが高メチル化DNAを示すピークであるか否かを判定する工程;5)該ピークが高メチル化DNAを示すピークと判定された場合、該腫瘍をリンチ症候群ではない患者由来の腫瘍であると判定する工程。
Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DJ, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JP, KE, KG, KN, KP, KR, KW, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
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African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: Japanese (JA)
Filing Language: Japanese (JA)