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1. (WO2017059250) SYSTEMS AND METHODS FOR IDENTIFYING ENTITIES THAT HAVE A TARGET PROPERTY
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Pub. No.: WO/2017/059250 International Application No.: PCT/US2016/054777
Publication Date: 06.04.2017 International Filing Date: 30.09.2016
IPC:
G06N 3/02 (2006.01)
G PHYSICS
06
COMPUTING; CALCULATING; COUNTING
N
COMPUTER SYSTEMS BASED ON SPECIFIC COMPUTATIONAL MODELS
3
Computer systems based on biological models
02
using neural network models
Applicants: CHAE, Lee[US/US]; US
TETRICK, Josh, Stephen[US/US]; US
XU, Meng[CN/US]; US
SCHULTZ, Matthew, D.[US/US]; US
WANG, Chuan[CN/US]; US
TILMANS, Nicolas[US/US]; US
BRZUSTOWICZ, Michael[US/US]; US
HAMPTON CREEK, INC.[US/US]; 2000 Folsom Street San Francisco, CA 94110, US
Inventors: CHAE, Lee; US
TETRICK, Josh, Stephen; US
XU, Meng; US
SCHULTZ, Matthew, D.; US
WANG, Chuan; US
TILMANS, Nicolas; US
BRZUSTOWICZ, Michael; US
Agent: LOVEJOY, Brett; US
Priority Data:
62/235,17430.09.2015US
62/401,78729.09.2016US
Title (EN) SYSTEMS AND METHODS FOR IDENTIFYING ENTITIES THAT HAVE A TARGET PROPERTY
(FR) SYSTÈMES ET PROCÉDÉS PERMETTANT D'IDENTIFIER DES ENTITÉS QUI ONT UNE PROPRIÉTÉ CIBLE
Abstract:
(EN) Systems and methods for assaying a test entity for a property, without measuring the property, are provided. Exemplary test entities include proteins, protein mixtures, and protein fragments. Measurements of first features in a respective subset of an N-dimensional space and of second features in a respective subset of an M-dimensional space, is obtained as training data for each reference in a plurality of reference entities. One or more of the second features is a metric for the target property. A subset of first features, or combinations thereof, is identified using feature selection. A model is trained on the subset of first features using the training data. Measurement values for the subset of first features for the test entity are applied to thereby obtaining a model value that is compared to model values obtained using measured values of the subset of first features from reference entities exhibiting the property.
(FR) La présente invention concerne des systèmes et des procédés pour le dosage d'une entité d'essai pour une propriété, sans mesurer la propriété. Des entités de test données à titre d'exemple comprennent des protéines, des mélanges de protéines et des fragments de protéines. Des mesures de premières particularités dans un sous-ensemble respectif d'un espace à N dimensions et de secondes particularités dans un sous-ensemble respectif d'un espace à M dimensions sont obtenues en tant que données d'apprentissage pour chaque référence d'une pluralité d'entités de référence. Une ou plusieurs des secondes particularités sont une métrique pour la propriété cible. Un sous-ensemble des premières particularités, ou des combinaisons de celles-ci, est identifié à l'aide de la sélection des particularités. Un modèle est appris sur le sous-ensemble de premières particularités à l'aide des données d'apprentissage. Des valeurs de mesure pour le sous-ensemble des premières particularités pour l'entité d'essai sont appliquées afin d'obtenir une valeur de modèle qui est comparée à des valeurs de modèle obtenues à l'aide de valeurs mesurées du sous-ensemble de premières particularités à partir d'entités de référence présentant la propriété.
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Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)