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1. (WO2017034970) COMBINATORIAL SINGLE MOLECULE ANALYSIS OF CHROMATIN
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Pub. No.: WO/2017/034970 International Application No.: PCT/US2016/047747
Publication Date: 02.03.2017 International Filing Date: 19.08.2016
IPC:
C12Q 1/68 (2006.01)
C CHEMISTRY; METALLURGY
12
BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
Q
MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES OR MICRO-ORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
1
Measuring or testing processes involving enzymes or micro-organisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
68
involving nucleic acids
Applicants:
SHEMA-YAACOBY, Efrat [IL/US]; US
BERNSTEIN, Bradley [US/US]; US
JONES, Daniel [US/US]; US
THE GENERAL HOSPITAL CORPORATION [US/US]; 55 Fruit Street Boston, MA 02114, US
SEQLL LLC [US/US]; 317 New Boston Street Suite 210 Woburn, MA 01801, US
Inventors:
SHEMA-YAACOBY, Efrat; US
BERNSTEIN, Bradley; US
JONES, Daniel; US
Agent:
KOWALSKI, Thomas J.; US
KOWALSKI, Thomas, J.; US
RUSSELL, Mark, W.; US
CASSON, Lawrence, P.; US
LU, Deborah, L.; US
Priority Data:
62/208,28721.08.2015US
62/296,42217.02.2016US
Title (EN) COMBINATORIAL SINGLE MOLECULE ANALYSIS OF CHROMATIN
(FR) ANALYSE DE MOLÉCULE UNIQUE COMBINATOIRE DE LA CHROMATINE
Abstract:
(EN) The present invention provides for single-molecule profiling of combinatorial protein modifications and single-molecule profiling of combinatorial protein modifications combined with single-molecule sequencing of protein/nucleic acids complexes. High-throughput single- molecule imaging was applied to decode combinatorial modifications on millions of individual nucleosomes from pluripotent stem cells and lineage-committed cells. Applicants identified bivalent nucleosomes with concomitant repressive and activating marks, as well as other combinatorial modification states whose prevalence varies with developmental potency. Applying genetic and chemical perturbations of chromatin enzymes show a preferential affect on nucleosomes harboring specific modification states. The present invention also combines this proteomic platform with single-molecule DNA sequencing technology to simultaneously determine the modification states and genomic positions of individual nucleosomes. This novel single-molecule technology can be used to address fundamental questions in chromatin biology and epigenetic regulation leading to novel therapeutics and diagnostics.
(FR) La présente invention concerne le profilage pour une molécule unique des modifications protéiques combinatoires et le profilage pour une molécule unique des modifications protéiques combinatoires associé au séquençage d'une molécule unique de complexes protéines/acides nucléiques. Une imagerie à haut rendement de molécule unique a été appliquée pour décoder des modifications combinatoires sur des millions de nucléosomes individuels à partir de cellules souches pluripotentes et de cellules restreintes à une lignée. Les déposants ont identifié des nucléosomes bivalents avec des marques concomitantes répressives et d'activation ainsi que d'autres états de modifications combinatoires dont la prévalence varie avec le potentiel de développement. L'application de perturbations génétiques et chimiques d'enzymes de la chromatine présente un effet préférentiel sur les nucléosomes hébergeant des états de modification spécifiques. La présente invention combine également cette plate-forme protéomique à la technologie de séquençage d'ADN à molécule unique pour déterminer simultanément les états de modification et les positions génomiques des nucléosomes individuels. Cette nouvelle technologie à molécule unique peut être utilisée pour répondre aux questions fondamentales de la biologie de la chromatine et de la régulation épigénétique débouchant sur de nouvelles thérapies et de nouveaux diagnostics.
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African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG)
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)