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1. WO2016134659 - METHOD FOR CONSTRUCTING PROTEIN-PROTEIN INTERACTION NETWORK USING TEXT DATA

Publication Number WO/2016/134659
Publication Date 01.09.2016
International Application No. PCT/CN2016/074496
International Filing Date 24.02.2016
IPC
G06F 19/18 2011.01
GPHYSICS
06COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
FELECTRIC DIGITAL DATA PROCESSING
19Digital computing or data processing equipment or methods, specially adapted for specific applications
10Bioinformatics, i.e. methods or systems for genetic or protein-related data processing in computational molecular biology
18for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations, linkage disequilibrium, population genetics, binding site identification, mutagenesis, genotyping or genome annotation, protein-protein interactions or protein-nucleic acid interactions
CPC
G16B 20/00
GPHYSICS
16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
20ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
Applicants
  • 苏州大学张家港工业技术研究院 ZHANGJIAGANG INSTITUTE OF INDUSTRIAL TECHNOLOGIES SOOCHOW UNIVERSITY [CN]/[CN]
Inventors
  • 朱斐 ZHU, Fei
  • 刘全 LIU, Quan
  • 王辉 WANG, Hui
  • 凌兴宏 LING, Xinghong
  • 杨洋 YANG, Yang
  • 伏玉琛 FU, Yuchen
Agents
  • 苏州创元专利商标事务所有限公司 SUZHOU PATENT AND TRADEMARK AGENCY, LTD
Priority Data
201510086244.025.02.2015CN
Publication Language Chinese (ZH)
Filing Language Chinese (ZH)
Designated States
Title
(EN) METHOD FOR CONSTRUCTING PROTEIN-PROTEIN INTERACTION NETWORK USING TEXT DATA
(FR) PROCÉDÉ DE CONSTRUCTION D'UN RÉSEAU D'INTERACTIONS PROTÉINE-PROTÉINE EN UTILISANT DES DONNÉES DE TEXTE
(ZH) 一种利用文本数据构建蛋白质相互作用网络的方法
Abstract
(EN)
Disclosed is a method for constructing a protein-protein interaction network using text data, comprising: (1) establishing a protein set; (2) recording a probability value of interaction between every two of all protein in the protein set; (3) according to the size of the probability value, constructing an initial network structure; (4) repeatedly selecting protein, giving a positive or negative effect feedback value, and continuously conducting iteration on the initial network structure, so as to obtain a final network structure. By means of the present invention, in the manners of repeated selection and interaction and on the basis of positive feedback, negative feedback and prohibiting feedback, a probability diagram of an interaction network is constructed through reinforcement learning and is seamlessly combined with biological knowledge and biological data.
(FR)
L'invention concerne un procédé de construction d'un réseau d'interactions protéine-protéine en utilisant des données de texte, comportant les étapes consistant à: (1) établir un ensemble de protéines; (2) enregistrer une valeur de probabilité d'interaction entre chaque paire de toutes les protéines de l'ensemble de protéines; (3) en fonction de la grandeur de la valeur de probabilité, construire une structure initiale de réseau; (4) sélectionner de façon répétée une protéine, donner une valeur de retour d'information positif ou négatif d'effet, et procéder de façon continue à une itération sur la structure initiale de réseau, de façon à obtenir une structure finale de réseau. Au moyen de la présente invention, par les méthodes de sélection et d'interaction répétées et sur la base d'un retour d'information positif, d'un retour d'information négatif et de l'interdiction de retour d'information, un diagramme de probabilité d'un réseau d'interactions est construit via un apprentissage par renforcement et est combiné sans discontinuité avec des connaissances biologiques et des données biologiques.
(ZH)
本发明公开了一种利用文本数据构建蛋白质相互作用网络的方法,包括:(1)建立蛋白质集合;(2)记录蛋白质集合中所有蛋白质两两发生相互作用的概率值;(3)根据概率值的大小构建初始网络结构;(4)反复选择蛋白质,给定正或负作用反馈值,在初始网络结构上不断迭代,获得最终网络结构。本发明采用反复选择、相互作用的方式,以正反馈、负反馈和禁止反馈基础,通过强化学习来构建一个作用网络的概率图,与生物知识和生物数据无缝结合。
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