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1. (WO2016106089) METHODS FOR CLASSIFYING ORGANISMS BASED ON DNA OR PROTEIN SEQUENCES
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2016/106089    International Application No.:    PCT/US2015/066446
Publication Date: 30.06.2016 International Filing Date: 17.12.2015
IPC:
G06F 19/22 (2011.01), C12Q 1/68 (2006.01)
Applicants: AGBIOME, INC. [US/US]; 104 T.W. Alexander Drive, Building 1 Research Triangle Park, North Carolina 27709 (US)
Inventors: HENRIKSEN, James, R.; (US).
TOMSO, Daniel, J.; (US)
Agent: ROTHSCHILD, Cynthia, B.; (US)
Priority Data:
62/095,658 22.12.2014 US
Title (EN) METHODS FOR CLASSIFYING ORGANISMS BASED ON DNA OR PROTEIN SEQUENCES
(FR) PROCÉDÉS DE CLASSIFICATION D'ORGANISMES EN SE BASANT SUR DES SÉQUENCES DE PROTÉINES OU D'ADN
Abstract: front page image
(EN)Methods for classifying organisms using whole or partial genome sequence data are provided. The methods use DNA or protein sequence data and clustering algorithms to assign organisms a protein morphotype ('pmorph') based on a given clustering parameter. Pmorphs can be generated quickly from whole genome sequence data, even at draft sequence quality levels, and can resolve fine differences between related organisms. In this manner, organisms can be classified and duplicate organisms within a collection can be identified.
(FR)L'invention concerne des procédés de classification d'organismes en utilisant des données de séquence du génome entier ou partiel. Les procédés utilisent des données de séquence d'ADN ou de protéine et des algorithmes de regroupement pour attribuer à des organismes une protéine morphotype ('pmorph') en se basant sur un paramètre de regroupement donné. Les pmorphs peuvent être générées rapidement à partir des données de séquence du génome entier, même à des niveaux de qualité brouillon de la séquence, et peuvent résoudre de minces différences entre des organismes apparentés. Les organismes peuvent ainsi être classés et les organismes en double à l'intérieur d'une collection peuvent être identifiés.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JP, KE, KG, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)