WIPO logo
Mobile | Deutsch | Español | Français | 日本語 | 한국어 | Português | Русский | 中文 | العربية |
PATENTSCOPE

Search International and National Patent Collections
World Intellectual Property Organization
Search
 
Browse
 
Translate
 
Options
 
News
 
Login
 
Help
 
Machine translation
1. (WO2016105579) SYSTEMS AND METHODS FOR PROCESSING SEQUENCE DATA FOR VARIANT DETECTION AND ANALYSIS
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2016/105579    International Application No.:    PCT/US2015/000501
Publication Date: 30.06.2016 International Filing Date: 28.12.2015
IPC:
G06F 19/10 (2011.01)
Applicants: BOARD OF REGENTS OF THE UNIVERSITY OF TEXAS SYSTEM [US/US]; 601 Colorado Street Austin, TX 78701-2982 (US)
Inventors: CONRAD, Tumer; (US)
Agent: AGUILERA, Roman; (US)
Priority Data:
62/095,104 22.12.2014 US
Title (EN) SYSTEMS AND METHODS FOR PROCESSING SEQUENCE DATA FOR VARIANT DETECTION AND ANALYSIS
(FR) SYSTÈMES ET PROCÉDÉS PERMETTANT DE TRAITER DES DONNÉES DE SÉQUENCE POUR L'ANALYSE ET LA DÉTECTION DE VARIANTES
Abstract: front page image
(EN)Systems and methods for processing sequence data are disclosed herein. In an embodiment, the system is comprised of a computing device that is configured for receiving, storing, and processing sequence data utilizing object-oriented functions. Sequencing is disclosed herein which provides for the customization of sequencing and analysis processing for next generation sequence processing and analysis. The system may be characterized as a bioinformatics system, which uses object oriented functions to process and store sequencing data efficiently and without the need for extensive programing knowledge. Object instances configured as part of the system may be manipulated, transformed, probed, and shared in memory, yet still saved to the disk. Due to the nature of sequence representation within the system, the required disk space needed is much less than existing bioinformatics programs. In another embodiment, MATLAB is utilized as part of the configuration of the system. Due to its object-oriented approach it may be adapted to more complex development functions and processing. This provides for much needed flexibility and ease of use.
(FR)L'invention concerne des systèmes et des procédés permettant de traiter des données de séquence. Dans un mode de réalisation, le système est constitué d'un dispositif informatique qui est configuré pour recevoir, stocker et traiter des données de séquence au moyen de fonctions orientées objet. L'invention concerne un séquençage qui permet de personnaliser un séquençage et un traitement d'analyse pour un traitement et une analyse de séquence de nouvelle génération. Le système peut être qualifié de système bio-informatique, qui utilise des fonctions orientées objet pour traiter et stocker efficacement des données de séquençage sans avoir besoin de connaissances approfondies en matière de programmation. Des instances d'objets configurées comme une partie du système peuvent être manipulées, transformées, examinées et partagées en mémoire tout en restant sauvegardées sur le disque. Étant donné la nature de la représentation de la séquence dans le système, l'espace disque requis est beaucoup moindre que dans les programmes bio-informatiques existants. Dans un autre mode de réalisation, MATLAB est utilisé dans le cadre de la configuration du système. En raison de son approche orientée objet, il peut être adapté à des fonctions de développement et à un traitement plus complexes. Cela permet d'accroître la flexibilité nécessaire et la facilité d'utilisation.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JP, KE, KG, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)