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1. (WO2016102927) IDENTIFYING GENES INVOLVED IN ANTIBIOTIC RESISTANCE AND SENSITIVITY IN BACTERIA USING MICROCULTURES
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2016/102927    International Application No.:    PCT/GB2015/053770
Publication Date: 30.06.2016 International Filing Date: 09.12.2015
IPC:
C12N 15/10 (2006.01), C40B 40/08 (2006.01)
Applicants: DISCUVA LIMITED [GB/GB]; The Merrifield Centre Rosemary Lane Cambridge, Cambridgeshire CB1 3LQ (GB)
Inventors: WILLIAMS, David Hugh; (GB).
WAIN, John Richard; (GB).
WOOD, Stuart Robert; (GB)
Agent: SHARPLES, Andrew; (GB)
Priority Data:
1421854.9 09.12.2014 GB
Title (EN) IDENTIFYING GENES INVOLVED IN ANTIBIOTIC RESISTANCE AND SENSITIVITY IN BACTERIA USING MICROCULTURES
(FR) IDENTIFICATION DE GÈNES INTERVENANT DANS LA RÉSISTANCE ET LA SENSIBILITÉ AUX ANTIBIOTIQUES DANS DES BACTÉRIES À L'AIDE DE MICROCULTURES
Abstract: front page image
(EN)Described is a method for identifying a gene which mediates antibiotic sensitivity or resistance in a target bacterium, the method comprising the steps of: (a) generating a pool of mutant target bacteria by transposon mutagenesis with an activating transposon (TnA), wherein the TnA comprises an outward-facing promoter (TnAP) capable of increasing transcription of a gene at or near its insertion site in the DNA of said target cells; (b) generating a control microdroplet library by encapsulating individual members of the pool of step (a) in microdroplets, the microdroplets comprising a volume of aqueous growth media suspended in an immiscible carrier liquid, each microdroplet comprising a single mutant target cell; (c)generating a test microdroplet library by encapsulating individual members of the pool of step (a) in microdroplets, the microdroplets comprising a volume of aqueous growth media containing the antibiotic and suspended in an immiscible carrier liquid, each microdroplet comprising a single mutant target cell; (d) incubating the control and test microdroplet libraries to produce control and test microcultures; and (e) comparing the distribution of TnA insertions between control and test microcultures to identify a gene which mediates antibiotic sensitivity or resistance in said target bacterium.
(FR)L'invention concerne un procédé pour identifier un gène qui médie une sensibilité ou une résistance aux antibiotiques dans une bactérie cible, ce procédé comprenant les étapes consistant à : (a) produire un ensemble de bactéries cibles mutantes par mutagenèse par transposon avec un transposon d'activation (TnA), ledit TnA comprenant un promoteur orienté vers l'extérieur (TnAP) capable d'augmenter la transcription d'un gène au niveau de son site d'insertion dans l'ADN desdites cellules cibles ou près de celui-ci; (b) produire une banque de microgouttelettes de contrôle par encapsulation d'individus de l'ensemble de l'étape (a) dans des microgouttelettes, ces microgouttelettes comprenant un volume de milieu de croissance aqueux en suspension dans un liquide support non miscible, chaque microgouttelette comprenant une cellule cible mutante unique; (c) produire une banque de microgouttelettes de test par encapsulation d'individus de l'ensemble de l'étape (a) dans des microgouttelettes, ces microgouttelettes comprenant un volume de milieu de croissance aqueux contenant l'antibiotique et se trouvant en suspension dans un liquide support non miscible, chaque microgouttelette comprenant une cellule cible mutante unique; (d) mettre à incuber les banques de microgouttelettes de contrôle et de test pour produire des microcultures de contrôle et de test; et (e) comparer la répartition des insertions de TnA entre les microcultures de contrôle et de test pour identifier un gène qui médie une sensibilité ou une résistance aux antibiotiques dans ladite bactérie cible.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JP, KE, KG, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)