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1. (WO2016100895) CALIBRATION PANELS AND METHODS FOR DESIGNING THE SAME
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2016/100895    International Application No.:    PCT/US2015/066836
Publication Date: 23.06.2016 International Filing Date: 18.12.2015
IPC:
C12Q 1/68 (2006.01)
Applicants: LIFE TECHNOLOGIES CORPORATION [US/US]; 5823 Newton Drive Carlsbad, CA 92008 (US)
Inventors: MOZHAYSKIY, Vadim; (US).
FU, Yutao; (US).
HUBBELL, Earl; (US)
Agent: D'AVIGNON-AUBUT, Christian; (US)
Priority Data:
62/093,754 18.12.2014 US
Title (EN) CALIBRATION PANELS AND METHODS FOR DESIGNING THE SAME
(FR) PANNEAUX D'ÉTALONNAGE ET PROCÉDÉS POUR LEUR CONCEPTION
Abstract: front page image
(EN)A method for preparing a homopolymer recalibration panel includes: extracting, from a set of amplicons used in sequencing-by-synthesis, a set of candidate amplicons satisfying a first set of criteria, wherein the first set of criteria includes amplicons known to belong to high-confidence regions of a reference genome with no variants; and selecting, from the set of candidate amplicons, a reduced set of amplicons satisfying a second set of criteria, wherein the second set of criteria includes amplicons that together comprise at least a minimal threshold number of homopolymers of each homopolymer length between a predetermined minimal homopolymer length and a predetermined maximal homopolymer length for one or more of homopolymer types A, T, C, and G.
(FR)L'invention concerne un procédé de préparation d'un panneau de réétalonnage d'un homopolymère consistant à : extraire, à partir d'un ensemble d'amplicons utilisés dans un séquençage-par-synthèse, un ensemble d'amplicons candidats satisfaisant à un premier jeu de critères, le premier jeu de critères comprenant des amplicons connus pour appartenir à des régions de confiance élevée d'un génome de référence sans variants; et sélectionner, à partir de l'ensemble d'amplicons candidats, un ensemble réduit d'amplicons satisfaisant à un deuxième jeu de critères, le deuxième jeu de critères comprenant des amplicons qui, ensemble, comprennent au moins un nombre seuil minimal d'homopolymères de chaque longueur d'homopolymère entre une longueur minimale prédéterminée d'homopolymère et une longueur maximale prédéterminée d'homopolymère pour un ou plusieurs types d'homopolymère A, T, C et G.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JP, KE, KG, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)